COUNT e GROUP BY sui campi di testo sembra lento

Question

Sto costruendo un database MySQL che contiene voci su sottostringhe speciali di DNA in specie di lievito. La mia tabella è simile a questa:

+--------------+---------+------+-----+---------+-------+ 
| Field  | Type | Null | Key | Default | Extra | 
+--------------+---------+------+-----+---------+-------+ 
| species  | text | YES | MUL | NULL |  | 
| region  | text | YES | MUL | NULL |  | 
| gene   | text | YES | MUL | NULL |  | 
| startPos  | int(11) | YES |  | NULL |  | 
| repeatLength | int(11) | YES |  | NULL |  | 
| coreLength | int(11) | YES |  | NULL |  | 
| sequence  | text | YES | MUL | NULL |  | 
+--------------+---------+------+-----+---------+-------+ 

Ci sono circa 1,8 milioni di record. In un tipo di query voglio vedere quante sottostringhe DNA associate a ciascun tipo di specie e regione, in modo da emettere questo query:

select species, region, count(*) group by species, region; 

Le specie e le colonne regione avere solo due possibili voci (conservati/SCER per specie, e promotore/codifica per regione), ma questa query richiede circa 30 secondi.

È questo un normale periodo di attesa per questo tipo di query, date le dimensioni della tabella? È lento perché sto usando campi di testo invece di semplici valori interi o booleani (io preferisco i campi di testo come diversi ricercatori non CS useranno il DB). Altre idee e suggerimenti sarebbero benvenuti.

Si prega di scusa se questa è una domanda boneheaded, io sono un neofita SQL.

P.S. Ho anche visto this question ma la soluzione proposta non sembra rilevante per quello che sto facendo.

MODIFICA: La conversione di questi campi in VARCHAR ha ridotto il tempo di esecuzione a ~ 2,5 secondi. Nota, ho anche programmato la sincronizzazione con ENUM che ha avuto un tempismo simile.

Answer 1

Perché tutte le colonne basate su stringhe sono definite come TEXT? Se leggi il confronto delle prestazioni, vedrai che TEXT era ~ 3 volte più lento di una colonna VARCHAR utilizzando l'indicizzazione identica: http://forums.mysql.com/read.php?24,105964,105964

Answer 2

Se i tuoi campi avranno sempre solo 2 valori, farai molto meglio a renderli booleani. Dovresti anche creare tutto NOT NULL a meno che non ci sia un vero motivo per cui avrai bisogno che sia NULL.

Dai anche un'occhiata allo ENUM type per un modo migliore di utilizzare un numero finito di valori leggibili dall'uomo per una colonna.

Per quanto riguarda la lentezza, la prima cosa da provare è creare indici sulle colonne. Per la query particolare si sta mostrando qui, un indice su species, region dovrebbe fare una grande differenza:

create index on mytablename (species, region); 

dovrebbe farlo.