Come rimuovere le matrici da un elenco duplicato con errore a virgola mobile?

Question

Questa domanda è simile alle domande che sono state poste riguardo all'errore in virgola mobile in altre lingue (ad esempio here), tuttavia non ho trovato una soluzione soddisfacente.

Sto lavorando a un progetto che prevede lo studio di matrici che condividono determinate caratteristiche. Come parte di questo, ho bisogno di sapere quante matrici in una lista sono uniche.

D <- as.matrix(read.table("datasource",...)) 
mat_list <- vector('list',length=length(samples_list)) 
mat_list <- lapply(1:length(samples_list),function(i) matrix(data=0,nrow(D),ncol(D))) 

Questa lista è poi popolato da calcoli dai dati sulla base degli elementi di samples_list. Dopo che mat_list è stato popolato, ho bisogno di rimuovere i duplicati. Correre

mat_list <- unique(mat_list) 

riduce un po 'le cose; tuttavia, molti di questi elementi si trovano davvero all'interno dell'errore della macchina l'uno dell'altro. La funzione unique non consente di specificare la precisione e non sono stato in grado di trovare il codice sorgente per la modifica.

Un'idea che avevo era questa:

ErrorReduction<-function(mat_list, tol=2){ 
    len <- length(mat_list) 
    diff <- mat_list[[i]]-mat_list[[i+1]] 
    for(i in 1:len-1){ 
    if(norm(diff,"i")<tol){ 
    mat_list[[i+1]] <- mat_list[i] 
    } 
    } 
    mat_list<-unique(mat_list) 
    return(mat_list) 
} 

ma questo guarda solo le differenze a coppie. Sarebbe semplice ma molto probabilmente inefficiente per farlo con i cicli nidificati for.

Quali metodi conosci o quali idee hai, di gestione del problema di identificazione e rimozione di matrici che si trovano nell'errore della macchina di essere duplicati?

Answer 1

Ecco una funzione che si applica all.equal per ogni coppia utilizzando outer e rimuove tutti i duplicati:

approx.unique <- function(l) { 
    is.equal.fun <- function(i, j)isTRUE(all.equal(norm(l[[i]] - l[[j]], "M"), 0)) 
    is.equal.mat <- outer(seq_along(l), seq_along(l), Vectorize(is.equal.fun)) 
    is.duplicate <- colSums(is.equal.mat * upper.tri(is.equal.mat)) > 0 
    l[!is.duplicate] 
} 

Un esempio:

a <- matrix(runif(12), 4, 3) 
b <- matrix(runif(12), 4, 3) 
c <- matrix(runif(12), 4, 3) 

all <- list(a1 = a, b1 = b, a2 = a, a3 = a, b2 = b, c1 = c) 

names(approx.unique(all)) 
# [1] "a1" "b1" "c1" 

Answer 2

Credo che stiate cercando all.equal che confronta gli oggetti "all'interno dell'errore della macchina". Controlla ?all.equal.