Converti file HDF5 in altri formati

Question

Ho alcuni file di grandi dimensioni di file HDF5 e sto cercando un modo efficiente per convertire i dati in questi file in XML, TXT o in qualche altro formato facilmente leggibile. Ho provato a lavorare con il pacchetto Python (www.h5py.org), ma non sono stato in grado di capire i metodi con cui posso fare questo lavoro abbastanza velocemente. Non sono limitato a Python e posso anche programmare in Java, Scala o Matlab. Qualcuno può darmi qualche suggerimento su come procedere con questo?

Grazie,

TM

Answer 1

È possibile utilizzare h5dump -o dset.asci -y -w 400 dset.h5

• -o dset.asci specifica il file di output
• -y -w 400 specifica il formato di dimensione moltiplicata per il numero di posizioni e gli spazi necessari per stampare ogni valore. Dovresti prendere un numero molto grande qui.
• dset.h5 è naturalmente il file HDF5 si desidera convertire

Credo che questo sia il modo più semplice per convertirlo in un file ASCII, che è possibile importare in Excel o quello che volete. L'ho fatto un paio di volte, e ha funzionato per me. Ho ricevuto le sue informazioni dal sito web this.

Answer 2

Il metodo di Mathias711 è il modo migliore diretto. Se vuoi farlo all'interno di python, usa pandas.HDFStore:

from pandas import HDFStore 

store = HDFStore('inputFile.hd5') 

store['table1Name'].to_csv('outputFileForTable1.csv')