Mostra tutte le righe nell'output del pacchetto GenomicRange

Question

Sto lavorando con il pacchetto GenomicRange R. Ho un file di input così:

dvex108056 + 87 206 
dvex108056 + 87 226 
dvex108056 - 101 240 
dvex108056 - 104 240 
dvex108056 - 59 188 
dvex108056 - 68 197 
dvex108056 - 70 208 
dvex108056 - 75 211 
dvex108056 - 78 217 
dvex108056 - 79 218 
dvex108056 - 84 223 
dvex108056 - 85 220 
dvex108056 - 87 226 
dvex108056 - 88 226 
dvex108056 - 88 227 
dvex108056 - 91 210 
dvex108056 - 91 230 
dvex114041 - 6255 6383 
dvex144086 + 2557 2678 
dvex144086 + 2561 2678 
dvex144086 + 2562 2678 
dvex144086 + 2564 2678 
dvex144086 - 2549 2678 
dvex186339 + 971 1108 
dvex186339 + 971 1112 
dvex186339 + 972 1112 
dvex186339 + 979 1115 
dvex209845 - 428 553 
dvex209845 - 436 553 
dvex209845 - 445 553 
dvex238049 + 435 572 
dvex238049 + 435 575 
dvex238049 + 435 576 
dvex238049 - 400 541 
dvex490175 - 5 144 
dvex564118 - 476 604 
dvex567944 + 1 121 
dvex567944 + 1 124 
dvex567944 + 1 125 
dvex567944 + 1 129 
dvex567944 + 6 125 
dvex567944 - 1 130 
dvex567944 - 6 125 
dvex600495 - 706 844 
dvex619713 - 26 165 
dvex619713 - 28 167 
dvex619713 - 34 173 
dvex619713 - 49 185 
dvex667132 + 1 119 
dvex667132 + 1 99 
dvex667132 - 1 120 
dvex667132 - 1 121 
dvex685093 - 113 242 
dvex685093 - 127 243 
dvex685093 - 144 243 
dvex700401 - 1 120 
dvex700401 - 1 130 
dvex700401 - 1 132 
dvex758265 - 1 139 
dvex758265 - 15 154 
dvex758265 - 16 155 
dvex758265 - 21 160 
dvex758265 - 36 172 
dvex758265 - 4 140 
dvex758265 - 7 146 
dvex777870 + 100 200 
dvex777870 + 104 200 
dvex777870 + 80 200 
dvex777870 + 84 200 
dvex777870 + 85 200 
dvex777870 + 87 200 
dvex777870 + 90 200 
dvex777870 + 94 200 
dvex777870 - 72 200 
dvex792767 - 2083 2211 
dvex833399 - 434 545 
dvex833399 - 435 545 
dvex833399 - 437 545 

Quando uso Granges ridurre tutte queste linee in overlaping coordinate con questi codice:

> tabla <- read.table(file="~/Desktop/ncRNA/Data/Inputs/rRNAs/60/Infernal/test3.txt") 
> colnames(tabla) <- c('scal', 'strand', 'start', 'end') 
> all <- with(tabla, GRanges(scal, IRanges(start, end), strand)) 
> reduce(all) 

R genera un'uscita:

GRanges with 24 ranges and 0 metadata columns: 
    seqnames  ranges strand 
     <Rle> <IRanges> <Rle> 
    [1] dvex108056 [ 87, 226]  + 
    [2] dvex108056 [ 59, 240]  - 
    [3] dvex114041 [6255, 6383]  - 
    [4] dvex144086 [2557, 2678]  + 
    [5] dvex144086 [2549, 2678]  - 
    ...  ...   ... ... 
    [20] dvex758265 [ 1, 172]  - 
    [21] dvex777870 [ 80, 200]  + 
    [22] dvex777870 [ 72, 200]  - 
    [23] dvex792767 [2083, 2211]  - 
    [24] dvex833399 [ 434, 545]  - 
    --- 
    seqlengths: 
    dvex108056 dvex114041 dvex144086 ... dvex777870 dvex792767 dvex833399 
      NA   NA   NA ...   NA   NA   NA 

Voglio stampare tutto l'output generato da GenomicRanges. Evitare la ... ... ... linea. È possibile? Credo che sia una struttura data.frame, ma non posso accedere a tutti i record.

Grazie in anticipo.

Answer 1

Nella versione attuale ?GenomicRanges c'è questa istruzione

## The number of lines displayed in the 'show' method 
## are controlled with two global options. 
longGR <- c(gr[,"score"], gr2[,"score"], gr3) 
longGR 
options("showHeadLines"=7) 
options("showTailLines"=2) 
longGR 

## Revert to default values 
options("showHeadLines"=NULL) 
options("showTailLines"=NULL) 

quindi ad esempio

options(showTailLines=Inf) 

offre schermate piene di tutto.

Answer 2

provare a stamparlo come quello

write.table(YourData ,"Howyouwannanameit.tsv", quote=F, coln.names=T, row.names=F)

Sono abbastanza sicuro che non avrà la linea .... penso che è proprio quello che fa R quando si cerca di mostrarvi la prima e l'ultima filari.

Answer 3

convertirlo in un data.frame e scrivere fuori "nel solito modo": (v. 1.12.4)

red.all <- reduce(all) 
write.table(as.data.frame(red.all), ...)