Mi sono chiesto la stessa cosa, è davvero confuso con tutte queste diverse versioni e, a mio parere, evidenzia un tipo di grosso problema con NuGet. Forse potrebbero introdurre un badge "Supportato"/"Verificato" o qualcosa del genere?
In ogni caso: il primo pacchetto ha Outercurve come proprietario e non viene fornito con lo spazio dei nomi di Twitter. Poiché Outercurve è stato finanziato da Microsoft e ha iniziato a offrire il pacchetto solo a maggio 2012 (stranamente versione 1.0.0, anche se Bootstrap aveva raggiunto almeno 2.0.3 da allora), immagino che questa sia la versione MS "ufficiale" di Bootstrap che ora viene incluso come modello predefinito in Visual Studio.
Vale la pena notare che anche se NuGet desidera che si aggiorni all'ultima versione 3, i modelli di progetto VS 2013RC vengono ancora contrassegnati con la versione 2 e i campioni verranno (almeno visivamente) interrotti se aggiornati.
Eccellente questo dovrebbe essere contrassegnato come la risposta. – tympaniplayer