Come utilizzare cacheSweave in un batch Chiamata di sweave tramite make?

Question

Ho utilizzato un makefile per automatizzare l'esecuzione di Sweave per i miei report di analisi in R utilizzando l'approccio delineato da Jeromy Anglim con grande successo. Recentemente ho sentito parlare del pacchetto cacheSweave e vorrei incorporare questa funzionalità nel mio file Rnw. Io uso il pacchetto ProjectTemplate per caricare tutti i file necessari all'avvio, e questo richiede un po 'di tempo perché devo pre-processare i file di dati grezzi. Gli esempi nella vignetta spettacolo cacheSweave come eseguire Sweave con il driver cacheSweave all'interno di una sessione R:

library(cacheSweave) 
Sweave("foo.Rnw", driver = cacheSweaveDriver) 

Come Vorrei utilizzare il cacheSweaveDriver nel mio comando da eseguire Sweave in modalità batch? Nel mio makefile questo è come invoco Sweave:

$(TEXFILE).tex: $(TEXFILE).Rnw 
     R CMD SWeave $(TEXFILE).Rnw 
     R CMD Stangle $(TEXFILE).Rnw 

Sto usando Emacs + ESS per creare il file ed eseguire .Rnw fare. Ecco il resto della mia makefile per riferimento:

TEXFILE=report_presentation 
PLOTDIR= ../graphs 
PLOTS= 
FIGURES= $(PLOTDIR)/$(PLOTS) 
INPUTS= 

all: $(TEXFILE).pdf; make clean 

.PHONY: all clean 

$(TEXFILE).pdf: $(TEXFILE).tex $(FIGURES) $(INPUTS) 
# Initial run 
pdflatex $(TEXFILE) 

# Run bibtex if missing citations 
@if(grep "Citation" $(TEXFILE).log > /dev/null);\ 
then \ 
    bibtex $(TEXFILE);\ 
    pdflatex $(TEXFILE); \ 
fi 

# Recompile if instructed 
@if(grep "Rerun" $(TEXFILE).log > /dev/null);\ 
then \ 
    pdflatex $(TEXFILE); \ 
fi 

    $(TEXFILE).tex: $(TEXFILE).Rnw 
     R CMD Sweave $(TEXFILE).Rnw 
     R CMD Stangle $(TEXFILE).Rnw 

    ## Remove unnecessary files 
    clean: 
     -rm -f $(TEXFILE).log $(TEXFILE).aux $(TEXFILE).out $(TEXFILE).blg $(TEXFILE).bbl $(TEXFILE).nav $(TEXFILE).snm $(TEXFILE).toc Rplots.pdf 

Answer 1

Gregor Gorjanc ha uno script di shell per permettere questo:

http://ggorjan.blogspot.com/2008/11/sweavesh-plays-with-cachesweave.html

E 'più elegante rispetto la mia soluzione fatta in casa: che è quello di fare un semplice file chiamato "runcachesweave.R" contenente:

library(cacheSweave) 
Sweave("foo.Rnw", driver = cacheSweaveDriver) 

e quindi chiamando R CMD LOTTO runcachesweave.R; latexmk -PDF foo.tex