che ho avuto lo stesso problema da poco. Con una delle nuove versioni di Atom, è stata attivata un'impostazione che non avevo mai cambiato, causando la mancata visualizzazione di alcuni file.
L'ambientazione è Nascondi VCS Ignorato Files, che si trova nelle impostazioni pacchetti/Vista ad albero:
Assicurarsi che questa impostazione è disattivata (vale a dire non selezionata). Quando è selezionato, non mostrerà i file che sono ignorati da Git. Ho notato un file .gitignore
nel tuo primo screenshot, che potrebbe causarlo.
L'impostazione precedente (Nascondi nomi ignorati) potrebbe anche essere rilevante, ma non sono del tutto sicuro di quello che fa.
In ogni caso, Nascondi file ignorati VCS è stato abilitato in una delle mie aree di lavoro per qualche motivo e ha causato un problema simile a quello descritto. Probabilmente vale la pena provare ...
Permessi, possibilmente. – usr2564301
@Jongware: beh, ma sono come un utente che vede i file in Finder. –