Ho un lavoro Torque/PBS a lunga esecuzione e mi piacerebbe monitorare l'output. Ma il file di registro viene copiato solo al termine del lavoro. C'è un modo per convincere PBS a aggiornarlo?PBS, aggiornamento stdout
Sfortunatamente, AFAIK, che non è possibile con PBS/Torque: i flussi stdout/stderr vengono spoolati localmente sull'host di esecuzione e quindi trasferiti all'host di invio al termine del processo. È possibile reindirizzare lo standard output del programma su un file se si desidera monitorarlo durante l'esecuzione (ha senso solo se l'esecuzione e gli host sumit condividono un filesystem comune).
Sospetto che la logica sia che consente l'esecuzione di lavori su nodi che non condividono il loro filesystem con il nodo di invio.
Questo è possibile in COPPIA. Se si dispone di un filesystem condiviso è possibile impostare
$ spool_as_final_name vero
nel file di configurazione della mamma. In questo modo il file verrà scritto direttamente nella destinazione di output finale anziché lo spooling nella directory di spool. Una volta impostato, è possibile tail -f del file di output e monitorare tutto ciò che si desidera.
http://www.adaptivecomputing.com/resources/docs/torque/3-0-3/a.cmomconfig.php (ricerca di spool_as_final_name
Per me, ssh-zione al nodo in cui il processo è in esecuzione ed esaminare gli archivi sotto /var/spool/torque/spool/ opere, ma potrebbe essere specifico per questo particolare ambiente.
ho trovato un flag '-k' che non è molto carino però - quindi ho finito per catturare lo stdout fuori dalla coda.:/ – Anycorn
Da molto tempo utente SGE era abituato a vedere i file di output immediatamente, sento il tuo dolore. Una coincidenza, ho passato metà pomeriggio oggi a cercare un'alternativa al comando 'bpeek' di LSF su un sistema MOAB/Torque e ne ho trovato nessuno frustrante. –