È normale.onStop() non viene chiamato quando preme il pulsante Indietro
La documentazione dicono
"The onStart() e onStop() metodi possono essere chiamati più volte, come si alterna attività tra l'essere visibile e nascosta per l'utente"
quando si preme il pulsante Indietro e tornerà all'attività precedente che copre totalmente quella vecchia.
Cosa sta succedendo qui?
Puoi mostrarci un frammento di codice pertinente che stai utilizzando per tracciare il metodo onStop? – Cristian