EDIT
questa era la soluzione migliore prima che il V21 della biblioteca appcompat-V7. Se utilizzi la versione 21 o successiva, controlla la risposta approvata. Nel caso tu stia utilizzando l'API appcompat-v7 < 21, questo ti aiuterebbe comunque.
È possibile risolvere questo problema facilmente copiando la SwipeRefreshLayout (e le sue dipendenze) nel progetto e modificare in cui viene visualizzata la barra di avanzamento, l'aggiunta di un margine superiore.
Per facilitare tutti ho rilasciato una libreria con il margine implementato. Date un'occhiata a questo: https://github.com/Naroh091/SwipeRefreshLayoutOverlay
Spero che aiuti!
Ho lo stesso problema, non riesco a capire un modo per mostrare la loader nella giusta posizione –