Grep più motivi da un file e output prime 5 corrispondenze per ciascun motivo

Question

Ho una domanda sulla corrispondenza del modello. Ho un file con più modelli in esso, dire pattern.txt

Locus3039v1rpkm6.85
Locus3041v1rpkm6.84
Locus3042v1rpkm6.84

E il file di prova per la ricerca è file.txt -

Locus3039v1rpkm6.85 gi|350401309|ref|XM_003486067.1| 0 10 85 328 253 8e-12 78.8 
Locus3039v1rpkm6.85 gi|350401301|ref|XM_003486066.1| 0 10 85 566 491 8e-12 78.8 
Locus3039v1rpkm6.85 gi|350401298|ref|XM_003486065.1| 0 10 85 500 425 8e-12 78.8 
Locus3039v1rpkm6.85 gi|340723355|ref|XM_003400008.1| 0 10 106 566 470 3e-11 77.0 
Locus3039v1rpkm6.85 gi|340723353|ref|XM_003400007.1| 0 10 106 496 400 3e-11 77.0 
Locus3039v1rpkm6.85 gi|359323056|ref|XM_003639939.1| 0 27 104 322 245 9e-05 55.4 
Locus3039v1rpkm6.85 gi|359323055|ref|XM_543849.4| 0 27 104 241 164 9e-05 55.4 
Locus3039v1rpkm6.85 gi|354503991|ref|XM_003514015.1| 0 27 103 335 259 0.004 50.0 
Locus3039v1rpkm6.85 gi|341599927|emb|AM412059.2| 1 63 100 1645525 1645489 6.8 39.2 
Locus3039v1rpkm6.85 gi|340003223|emb|HE572590.1| 1 63 100 1671652 1671616 6.8 39.2 
Locus3041v1rpkm6.84 gi|337757426|emb|FQ859181.1| 1 61 114 2772617 2772667 0.60 42.8 
Locus3041v1rpkm6.84 gi|159889572|gb|CP000875.1|  0 5 40 1185295 1185330 0.60 42.8 
Locus3041v1rpkm6.84 gi|158107272|gb|CP000820.1|  0 2 34 5594193 5594161 0.60 42.8 
Locus3041v1rpkm6.84 gi|156844486|ref|XM_001645256.1| 83 140 793 850 0.60 42.8 
Locus3041v1rpkm6.84 gi|339305108|gb|CP001503.2|  0 58 94 3006529 3006565 2.1 41.0 
Locus3041v1rpkm6.84 gi|247533203|gb|CP001607.1|  0 1 40 1268073 1268034 2.1 41.0 
Locus3041v1rpkm6.84 gi|367050653|ref|XM_003655658.1| 0 75 103 843 871 7.3 39.2 
Locus3041v1rpkm6.84 gi|347002178|gb|CP003012.1|  0 75 103 2986236 2986208 7.3 39.2 
Locus3043v1rpkm6.84 gi|332015867|gb|HQ658110.1|  0 9 31 4151 4129 0.49 42.8 
Locus3043v1rpkm6.84 gi|254946573|gb|CP001619.1|  1 9 43 4243052 4243019 0.49 42.8 
Locus3043v1rpkm6.84 gi|329755665|gb|JF715057.1|  0 11 42 110968 110937 1.7 41.0 
Locus3043v1rpkm6.84 gi|9937515|gb|AF294752.1| 0 48 79 2081 2050 1.7 41.0 

Voglio abbinare ogni modello per i primi 5 colpi e passare al modello successivo per il primo cinque e così via.

ho cercato

grep -i -m 5 -f pattern.txt file.txt > out.txt 
grep -i -f pattern.txt -m 5 file.txt > out.txt 

Ma sto solo la top 5 per il primo pattern e termina. Dove sto andando male? C'è un parametro per eseguire questa funzione richiesta?

Answer 1

Prova questo:

for pat in $(cat pattern.txt); do grep -i -m 5 $pat file.txt; done > out.txt 

Il che significa

1. Per ciascun motivo in pattern.txt, grep i primi 5 corrispondono disco.
2. aggiungere il risultato out.txt

EDIT

Come @dogbane menzionato nel suo commento, questo è un UUOC. Qui è la mia migliore risposta:

for pat in $(< pattern.txt); do grep -i -m 5 $pat file.txt; done > out.txt 

un'occhiata anche a this risposta.

Answer 2

Ogni volta che si utilizza > si sovrascrive il file con la nuova uscita, utilizzando >> invece sarete in grado di aggiungere al file:

$ yourcommand >> file 

Answer 3

Ecco un modo utilizzando awk. Dovrebbe essere abbastanza veloce anche perché file.txt viene letto solo una volta:

awk 'BEGIN { IGNORECASE=1 } FNR==NR { a[$0]++; next } { for (i in a) if ($0 ~ i && a[i] <= 5) { print; a[i]++ } }' patterns.txt file.txt 

Risultati:

Locus3039v1rpkm6.85 gi|350401309|ref|XM_003486067.1| 0 10 85 328 253 8e-12 78.8 
Locus3039v1rpkm6.85 gi|350401301|ref|XM_003486066.1| 0 10 85 566 491 8e-12 78.8 
Locus3039v1rpkm6.85 gi|350401298|ref|XM_003486065.1| 0 10 85 500 425 8e-12 78.8 
Locus3039v1rpkm6.85 gi|340723355|ref|XM_003400008.1| 0 10 106 566 470 3e-11 77.0 
Locus3039v1rpkm6.85 gi|340723353|ref|XM_003400007.1| 0 10 106 496 400 3e-11 77.0 
Locus3041v1rpkm6.84 gi|337757426|emb|FQ859181.1| 1 61 114 2772617 2772667 0.60 42.8 
Locus3041v1rpkm6.84 gi|159889572|gb|CP000875.1|  0 5 40 1185295 1185330 0.60 42.8 
Locus3041v1rpkm6.84 gi|158107272|gb|CP000820.1|  0 2 34 5594193 5594161 0.60 42.8 
Locus3041v1rpkm6.84 gi|156844486|ref|XM_001645256.1| 83 140 793 850 0.60 42.8 
Locus3041v1rpkm6.84 gi|339305108|gb|CP001503.2|  0 58 94 3006529 3006565 2.1 41.0