Errore di fusione della funzione di risagoma del pacchetto R: variabili id ​​non trovate nei dati quando si lavora con molti fattori

Question

Sto lavorando con un output di rarefazione da mothur, che in pratica mi fornisce un set di dati contenente il numero di sequenze campionati e il numero di univoci sequenze in diversi campioni. Vorrei utilizzare ggplot2 per visualizzare questi dati e quindi utilizzare melt per passare da un wide a un formato long.

Il problema è che non trovo modo di farlo funzionare a causa di un errore di melt. Che sostanzialmente afferma

Error: id variables not found in data: 1,3,6, (... and so on)

A causa delle dimensioni del dataset originale sarebbe impractcal per condividerle qui comunque si dovrebbe essere in grado di ricreare lo stesso problema utilizzando il seguente codice:

a<-seq(0,300,3) 
b<-runif(length(a)) 
c<-runif(length(a)) 
d<-as.data.frame(cbind(a,b,c)) 
d$a<-as.factor(d$a) 
melt(d,d$a) 

che dà esattamente lo stesso errore:

Error: id variables not found in data: 0,3,6,9, (...)

Non riesco a vedere quello che sto facendo male. Sto usando R 2.15.1 su Ubuntu Server 12.04. Entrambe le funzioni reshape::melt e reshape2::melt generano lo stesso errore.

Answer 1

Si dovrebbe usare:

melt(d, id.vars="a") 
     a variable  value 
1  0  b 0.019199459 
2  3  b 0.693699677 
3  6  b 0.937592641 
4  9  b 0.299259963 
5 12  b 0.485403439 
... 

---

Da l'aiuto di ?melt.data.frame:

data
data frame to melt

id.vars
vector of id variables. Can be integer (variable position) or string (variable name)If blank, will use all non-measured variables

Così il vostro argomento id.vars dovrebbe essere un vettore carattere di nomi, per esempio "a" o un vettore numerico, ad es. 1. La lunghezza di questo vettore dovrebbe essere uguale al numero di colonne che vuoi come id.

Invece, è stato utilizzato un fattore che conteneva molti più elementi di quante non siano le colonne nei dati.