Colora un punto e aggiungi un'annotazione in ggplot2?

Question

Ho un dataframe a con tre colonne:

GeneName, Index1, Index2

ho disegnare un grafico a dispersione come questo

ggplot(a, aes(log10(Index1+1), Index2)) +geom_point(alpha=1/5) 

Poi voglio colorare un punto la cui GeneName è "G1" e aggiungere una casella di testo vicino a quel punto, quale potrebbe essere il modo più semplice per farlo?

Answer 1

Qualcosa del genere dovrebbe funzionare. Potrebbe essere necessario aggirare gli argomenti x e con geom_text().

library(ggplot2) 

highlight.gene <- "G1" 

set.seed(23456) 
a <- data.frame(GeneName = paste("G", 1:10, sep = ""), 
        Index1 = runif(10, 100, 200), 
        Index2 = runif(10, 100, 150)) 

a$highlight <- ifelse(a$GeneName == highlight.gene, "highlight", "normal") 
textdf <- a[a$GeneName == highlight.gene, ] 
mycolours <- c("highlight" = "red", "normal" = "grey50") 

a 
textdf 

ggplot(data = a, aes(x = Index1, y = Index2)) + 
    geom_point(size = 3, aes(colour = highlight)) + 
    scale_color_manual("Status", values = mycolours) + 
    geom_text(data = textdf, aes(x = Index1 * 1.05, y = Index2, label = "my label")) + 
    theme(legend.position = "none") + 
    theme() 

Answer 2

è possibile creare un sottoinsieme che contiene proprio questo punto e poi aggiungerlo alla trama:

# create the subset 
g1 <- subset(a, GeneName == "G1") 

# plot the data 
ggplot(a, aes(log10(Index1+1), Index2)) + geom_point(alpha=1/5) + # this is the base plot 
    geom_point(data=g1, colour="red") + # this adds a red point 
    geom_text(data=g1, label="G1", vjust=1) # this adds a label for the red point 

NOTA: Dal momento che ognuno mantiene diritto di voto a questa domanda, ho pensato di rendere più facile da leggere.