Matlotlib Python: memoria non rilasciata quando si specifica la dimensione della figura

Question

Sto usando matplotlib per generare molti grafici dei risultati di una simulazione numerica. Le trame sono utilizzati come fotogrammi di un video, e quindi sono la generazione di molti di loro chiamando ripetutamente una funzione simile a questa:

from pylab import * 

def plot_density(filename,i,t,psi_Na): 
    figure(figsize=(8,6)) 
    imshow(abs(psi_Na)**2,origin = 'lower') 
    savefig(filename + '_%04d.png'%i) 
    clf() 

Il problema è che l'utilizzo della memoria del processo di pitone cresce di un un paio di megabyte con ogni chiamata a questa funzione. Per esempio se lo chiamo con questo ciclo:

if __name__ == "__main__": 
    x = linspace(-6e-6,6e-6,128,endpoint=False) 
    y = linspace(-6e-6,6e-6,128,endpoint=False) 
    X,Y = meshgrid(x,y) 
    k = 1000000 
    omega = 200 
    times = linspace(0,100e-3,100,endpoint=False) 
    for i,t in enumerate(times): 
     psi_Na = sin(k*X-omega*t) 
     plot_density('wavefunction',i,t,psi_Na) 
     print i 

quindi l'utilizzo di ram cresce con il tempo a 600 MB. Se tuttavia commento la riga figure(figsize=(8,6)) nella definizione della funzione, l'utilizzo della ram rimane costante a 52 MB. (8,6) è la dimensione della cifra predefinita e in entrambi i casi vengono prodotte immagini identiche. Mi piacerebbe realizzare trame di dimensioni diverse dai miei dati numerici senza esaurire il ram. Come potrei costringere Python a liberare questa memoria?

Ho provato gc.collect() ogni ciclo per forzare la raccolta dei rifiuti, e ho provato f = gcf() per ottenere la cifra attuale e poi del f di eliminarlo, ma senza alcun risultato.

Sto eseguendo CPython 2.6.5 su 64 bit Ubuntu 10.04.

Answer 1

Dal docstring per pylab.figure:

In [313]: pylab.figure? 

Se si sta creando molte figure, fare che si esplicitamente chiamate "stretta" sulle le cifre non si sta utilizzando, perché questo permetterà pylab per correttamente pulire la memoria.

Quindi, forse, provare:

pylab.close()  # closes the current figure 

Answer 2

La chiusura di un dato è sicuramente un'opzione, tuttavia, ripetuto molte volte, questo è in termini di tempo. Quello che suggerisco è di avere un singolo oggetto figura persistente (tramite static function variable o come argomento di funzione aggiuntivo). Se tale oggetto è fig, la funzione chiamerà quindi fig.clf()prima del ogni ciclo di stampa.

from matplotlib import pylab as pl 
import numpy as np 

TIMES = 10 
x = np.linspace(-10, 10, 100) 
y = np.sin(x) 
def withClose(): 
    def plotStuff(i): 
     fig = pl.figure() 
     pl.plot(x, y + x * i, '-k') 
     pl.savefig('withClose_%03d.png'%i) 
     pl.close(fig) 
    for i in range(TIMES): 
     plotStuff(i) 


def withCLF(): 
    def plotStuff(i): 
     if plotStuff.fig is None: 
      plotStuff.fig = pl.figure() 
     pl.clf() 
     pl.plot(x, y + x * i, '-') 
     pl.savefig('withCLF_%03d.png'%i) 
    plotStuff.fig = None 

    for i in range(TIMES): 
     plotStuff(i) 

Ecco valorizza la tempistica

In [7]: %timeit withClose() 
1 loops, best of 3: 3.05 s per loop 

In [8]: %timeit withCLF() 
1 loops, best of 3: 2.24 s per loop