Come posso leggere più file da più directory in R per l'elaborazione?

Question

Sto eseguendo uno studio di simulazione e ho bisogno di elaborare e salvare i risultati da diversi file di testo. Ho organizzato i dati in modo tale che ci siano sottodirectory e all'interno di ciascuna sottodirectory, ho bisogno di elaborare e ottenere risultati individuali per 1000 file di dati. Questo è molto facile da fare in SAS usando le macro. Tuttavia, sono nuovo di R e non riesco a capire come farlo. Di seguito è quello che sto cercando di realizzare.

DATA Folder-> DC1 -> DC1R1.txt ... DC1R1000.txt 
       DC2 -> DC2R1.txt ... DC2R1000.txt 

Qualsiasi aiuto sarebbe molto apprezzato!

Answer 1

io non sono vicino a un computer con R in questo momento, ma leggere la guida per le funzioni relative ai file:

La funzione dir presenterà l'elenco delle file e directory. Ha un argomento ricorsivo. list.files è un alias per dir. La funzione file.info ti dirà (tra le altre cose) se un percorso è una directory e file.path unirà le parti del percorso.

Le funzioni basename e dirname potrebbero anche essere utili.

Si noti che tutte queste funzioni sono vettorializzate.

EDIT Ora, a un computer, ecco un esempio:

# Make a function to process each file 
processFile <- function(f) { 
    df <- read.csv(f) 
    # ...and do stuff... 
    file.info(f)$size # dummy result 
} 

# Find all .csv files 
files <- dir("/foo/bar/", recursive=TRUE, full.names=TRUE, pattern="\\.csv$") 

# Apply the function to all files. 
result <- sapply(files, processFile) 

Answer 2

È possibile utilizzare la funzione di Perl glob() per ottenere un elenco di file e inviarlo a R utilizzando, per esempio, l'interfaccia RSPerl s'.

Answer 3

Se è necessario eseguire la stessa analisi su ciascuno dei file, è possibile accedervi in ​​un'unica operazione utilizzando list.files(recursive = T). Questo presuppone che tu abbia già impostato la tua directory di lavoro su Data Folder. Lo recursive = T elenca anche tutti i file all'interno di sottodirectory.

Answer 4

Questo vi darà tutti i file che si trovano sotto una cartella e sotto le sottocartelle.