Come aggiungere più figure su più pagine in un blocco utilizzando knitr e RMarkdown?

Question

Sto utilizzando un ciclo for per creare più figure grandi su più pagine in un blocco con knitr e rmarkdown. Funziona bene per gli output word e html, ma ha un problema nell'output in pdf.

Questo è un esempio di RMarkdown minimo per riprodurre il mio problema.

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title: "Knitr test" 
date: "6 April 2015" 
output: pdf_document 
--- 


```{r, echo=FALSE, fig.width=6.5,fig.height=10} 
library(ggplot2) 
for (i in seq(1, 4)){ 
    p <- ggplot(cars, aes(speed, dist)) + geom_point() 
    print(p) 
} 
``` 

Il file pdf generato è simile a questo. Due figure sono stampate nella pagina.

Se cambio il fig.height, aggiungere una sezione pochi nel file di RMD, due figure sono ancora stampati nella stessa pagina con diversa disposizione.

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title: "Knitr test" 
output: pdf_document 
date: "6 April 2015" 
--- 

## Section A 

Row B 

```{r plot_phenotype, echo = FALSE, fig.height=8, fig.width=6.5} 
library(ggplot2) 
for (i in seq(1, 4)) 
{ 
    p <- ggplot(cars, aes(speed, dist)) + geom_point() 
    print(p) 
} 

``` 

Grazie per qualsiasi suggerimento per risolvere questo problema.

Sto usando RStudio 0.99.375. Questa è la mia informazione sulla sessione.

sessionInfo() 
R version 3.1.3 (2015-03-09) 
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) 
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1 

locale: 
[1] LC_COLLATE=English_Australia.1252 LC_CTYPE=English_Australia.1252 
[3] LC_MONETARY=English_Australia.1252 LC_NUMERIC=C      
[5] LC_TIME=English_Australia.1252  

attached base packages: 
[1] stats  graphics grDevices utils  datasets methods base  

other attached packages: 
[1] rmarkdown_0.5.3.1 knitr_1.9.5  

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] colorspace_1.2-5 digest_0.6.8  evaluate_0.5.5 formatR_1.0  
[5] ggplot2_1.0.0 grid_3.1.3  gtable_0.1.2  htmltools_0.2.6 
[9] MASS_7.3-34  munsell_0.4.2 plyr_1.8.1  proto_0.3-10  
[13] Rcpp_0.11.5  reshape2_1.4.1 scales_0.2.4  stringr_0.6.2 
[17] tcltk_3.1.3  tools_3.1.3  yaml_2.1.13  

Answer 1

Ho risolto il mio problema.

Nel file tex generato, non ci sono nuove righe dopo ogni figura. Questo codice tex generato utilizzando il file rmd sopra:

\includegraphics{test_files/figure-latex/plot_phenotype-1.pdf} 
\includegraphics{test_files/figure-latex/plot_phenotype-2.pdf} 
\includegraphics{test_files/figure-latex/plot_phenotype-3.pdf} 
\includegraphics{test_files/figure-latex/plot_phenotype-4.pdf} 

La soluzione è aggiungere una nuova riga dopo ogni ciclo per stampare una figura.

cat('\r\n\r\n') 

Non so perché ho bisogno di due "\ r \ n" qui.Il file tex generato assomiglia:

\includegraphics{test_files/figure-latex/plot_phenotype-1.pdf} 

\includegraphics{test_files/figure-latex/plot_phenotype-2.pdf} 

\includegraphics{test_files/figure-latex/plot_phenotype-3.pdf} 

\includegraphics{test_files/figure-latex/plot_phenotype-4.pdf} 

Questo è l'esempio completo della mia Rmd presentare

--- 
title: "Knitr test" 
output: 
    pdf_document: 
    keep_tex: yes 
date: "6 April 2015" 
--- 

## Section A 

Row B 

```{r plot_phenotype, echo = FALSE, fig.height=8, fig.width=6.5} 
library(ggplot2) 
library(grid) 
for (i in seq(1, 4)) 
{ 
    grid.newpage() 
    p <- ggplot(cars, aes(speed, dist)) + geom_point() 

    print(p) 
    cat('\r\n\r\n') 
} 


``` 

Answer 2

Edit 1 (LaTeX): Io non riesco a ottenere questo a lavorare con RMarkdown, dal momento che ha problemi con le nuove pagine. Ma l'uso puro di LaTeX sembra risolvere il problema con i molteplici grafici in una singola pagina e il testo all'inizio. Non sono sicuro se è quello che vuoi. In RStudio aprire un nuovo file R Sweave (.Rnw) e provare:

\documentclass{article} 
\begin{document} 
\title{A report} 
\author{Me} 
\maketitle 
\section{One section} 
Some text that does not say anything interesting. 

<<r, echo=FALSE, fig.width=6.5, fig.height=7>>= 
library(ggplot2) 
for (i in seq(1, 4)){ 
    p <- ggplot(cars, aes(speed, dist)) + geom_point() 
    print(p) 
} 
@ 

\end{document} 

Questo produce il seguente:

Edit 2 (RMarkdown) (in base alla risposta): eseguendo il codice dalla tua risposta ottengo la prima pagina con il testo e quindi una singola pagina per ogni trama. Se questo è ciò che si desidera, è possibile ottenere lo stesso risultato utilizzando semplicemente (vale a dire la rimozione grid.newpage, \r s e keep_tex):

--- 
title: "Knitr test" 
output: pdf_document 
date: "6 April 2015" 
--- 

## Section A 

Row B 

```{r plot_phenotype, echo = FALSE, fig.height=10, fig.width=6.5} 
library(ggplot2) 
for (i in seq(1, 4)) 
{ 
    p <- ggplot(cars, aes(speed, dist)) + geom_point() 

    print(p) 
    cat('\n\n') 
} 


``` 

che produce il seguente:

se si cambia dalla fig.height a 7, otterrai lo stesso risultato di LaTeX sopra.