rcpp non vengono caricati con la libreria boost (come implementato in BH) quando si utilizza boost :: iostreams :: gzip_decompress

Question

Desidero leggere i dati da un file .bz. Sto cercando di farlo usando rcpp plus boost usando la libreria BH. Sto usando R 3.2.0 su MacOSX 10.10.3, Rcpp versione 0.11.6 e BH 1.58.0-1.

Ecco il mio codice finora:

// [[Rcpp::depends(BH)]] 

#include <Rcpp.h> 
#include <iostream> 
#include <fstream> 
#include <boost/iostreams/device/file.hpp> 
#include <boost/iostreams/filtering_stream.hpp> 
#include <boost/iostreams/filter/gzip.hpp> 
#include <boost/math/common_factor.hpp> 

using namespace Rcpp; 

// [[Rcpp::export]] 
int read_file_cpp(std::string path) { 
    std::ifstream file(path.c_str(), std::ios_base::in | std::ios_base::binary); 
    boost::iostreams::filtering_istream in; 
    in.push(boost::iostreams::gzip_decompressor()); 
    in.push(file); 
    for(std::string str; std::getline(in, str);) 
    { 
    std::cout << "Processed line " << str << '\n'; 
    } 
    file.close(); 
    return(0); 
} 

Quando provo a caricare il codice tramite:

Rcpp::sourceCpp(file = "src/boost_test.cpp") 

ottengo il seguente errore:

Error in dyn.load("/var/folders/sv/rhmpnyt91kdb10d1hnz_zd1c0000gn/T//RtmpZiCsVD/sourcecpp_40e63686ad7f/sourceCpp_9777.so") : unable to load shared object '/var/folders/sv/rhmpnyt91kdb10d1hnz_zd1c0000gn/T//RtmpZiCsVD/sourcecpp_40e63686ad7f/sourceCpp_9777.so': dlopen(/var/folders/sv/rhmpnyt91kdb10d1hnz_zd1c0000gn/T//RtmpZiCsVD/sourcecpp_40e63686ad7f/sourceCpp_9777.so, 6): Symbol not found: __ZN5boost9iostreams6detail11gzip_footer5resetEv Referenced from: /var/folders/sv/rhmpnyt91kdb10d1hnz_zd1c0000gn/T//RtmpZiCsVD/sourcecpp_40e63686ad7f/sourceCpp_9777.so Expected in: flat namespace in /var/folders/sv/rhmpnyt91kdb10d1hnz_zd1c0000gn/T//RtmpZiCsVD/sourcecpp_40e63686ad7f/sourceCpp_9777.so

Per qualche risoluzione dei problemi , la linea problematica sembra essere:

in.push(boost::iostreams::gzip_decompressor()); 

In particolare, gzip_decompressor() sembra essere la causa principale. Se provo il gzip_compressor(), invece il programma funziona bene (eccetto che ho solo un bindo binario sullo schermo).

Guardando attraverso il codice BH, ho confermato che il codice gzip_decompressor è dove dovrebbe essere.

Grazie per qualsiasi aiuto.

UPDATE

Seguendo i suggerimenti da Dirk e nrussell, questo è come ho risolto il problema.

Boost scaricato da here.

Leggere le istruzioni here.

Unpacked, e corse il seguente:

./bootstrap.sh --help 

Leggere le istruzioni, e ho deciso che solo bisogno di compilare iostreams. Così, corse il seguente:

./bootstrap.sh --with-libraries=iostreams 
./b2 

capito il percorso in cui il compilatore cerca le librerie. Sono sicuro che ci sia un modo più intelligente di farlo, ma mi sono imbattuto il seguente dal prompt R:

Rcpp::sourceCpp('src/boost_test.cpp', verbose = T, rebuild = T) 

Dal testo che segue, ha notato che '/ usr/local/lib' era nel percorso. Così, dal prompt dei comandi, ho creato un link alla libreria nel percorso corretto:

ln -s /Users/andersgs/Downloads/boost_1_58_0/stage/lib/libboost_iostreams.dylib /usr/local/lib/ 

Ciò, ovviamente, devono essere corretti in seguito, in quanto non sarà alloggiato nella mia cartella Download.

Quindi, ha seguito le istruzioni di Dirk, con la raccomandazione di nrussell. Quindi, di nuovo in R:

Sys.setenv("PKG_LIBS"="-lboost_iostreams") 
Rcpp::sourceCpp('src/boost_test.cpp', verbose = T, rebuild = T) 

successo !!! Compilato correttamente Funziona anche

Grazie ad entrambi.

Anders.

Answer 1

Sei sicuro che funzioni "solo intestazioni"?

In caso contrario, è necessario assicurarsi di fornire gli argomenti di collegamento corretti - vedere Rcpp Gallery example on Boost regex ha un esempio funzionante.