Sto analizzando un file xml generato da un esterno program. Vorrei quindi aggiungere annotazioni personalizzate a questo file, utilizzando il mio spazio dei nomi. Il mio ingresso appare come di seguito:lxml: aggiungi spazio nomi al file di input
<sbml xmlns="http://www.sbml.org/sbml/level2/version4" xmlns:celldesigner="http://www.sbml.org/2001/ns/celldesigner" level="2" version="4">
<model metaid="untitled" id="untitled">
<annotation>...</annotation>
<listOfUnitDefinitions>...</listOfUnitDefinitions>
<listOfCompartments>...</listOfCompartments>
<listOfSpecies>
<species metaid="s1" id="s1" name="GenA" compartment="default" initialAmount="0">
<annotation>
<celldesigner:extension>...</celldesigner:extension>
</annotation>
</species>
<species metaid="s2" id="s2" name="s2" compartment="default" initialAmount="0">
<annotation>
<celldesigner:extension>...</celldesigner:extension>
</annotation>
</species>
</listOfSpecies>
<listOfReactions>...</listOfReactions>
</model>
</sbml>
Il problema è che lxml dichiara solo spazi dei nomi quando sono usati, il che significa che la dichiarazione è ripetuto molte volte, in questo modo (semplificato):
<sbml xmlns="namespace" xmlns:celldesigner="morenamespace" level="2" version="4">
<listOfSpecies>
<species>
<kjw:test xmlns:kjw="http://this.is.some/custom_namespace"/>
<celldesigner:data>Some important data which must be kept</celldesigner:data>
</species>
<species>
<kjw:test xmlns:kjw="http://this.is.some/custom_namespace"/>
</species>
....
</listOfSpecies>
</sbml>
E ' possibile forzare lxml a scrivere questa dichiarazione solo una volta in un elemento padre, ad esempio sbml
o listOfSpecies
? O c'è una buona ragione per non farlo? Il risultato che voglio sarebbe:
<sbml xmlns="namespace" xmlns:celldesigner="morenamespace" level="2" version="4" xmlns:kjw="http://this.is.some/custom_namespace">
<listOfSpecies>
<species>
<kjw:test/>
<celldesigner:data>Some important data which must be kept</celldesigner:data>
</species>
<species>
<kjw:test/>
</species>
....
</listOfSpecies>
</sbml>
Il problema importante è che i dati esistenti che viene letto da un file deve essere mantenuta, quindi non posso solo fare un nuovo elemento principale (credo?).
MODIFICA: Codice allegato sotto.
def annotateSbml(sbml_input):
from lxml import etree
checkSbml(sbml_input) # Makes sure the input is valid sbml/xml.
ns = "http://this.is.some/custom_namespace"
etree.register_namespace('kjw', ns)
sbml_doc = etree.ElementTree()
root = sbml_doc.parse(sbml_input, etree.XMLParser(remove_blank_text=True))
nsmap = root.nsmap
nsmap['sbml'] = nsmap[None] # Makes code more readable, but seems ugly. Any alternatives to this?
nsmap['kjw'] = ns
ns = '{' + ns + '}'
sbmlns = '{' + nsmap['sbml'] + '}'
for species in root.findall('sbml:model/sbml:listOfSpecies/sbml:species', nsmap):
species.append(etree.Element(ns + 'test'))
sbml_doc.write("test.sbml.xml", pretty_print=True, xml_declaration=True)
return
Mostrare il codice. – Marcin
@Marcin: done. Qualche consiglio? – kai
@mzjin my input contiene tutto tranne i tag ' '. L'obiettivo è inserire tali tag (o simili, ad esempio 'kjw: score' o' kjw: length') in ogni specie in questa lista. Questo ha senso, o dovrei postare l'intero file (pensavo che la mia domanda iniziale fosse abbastanza lunga così com'è)? –
kai