Cladogramma, albero della vita, cladistica, tassonomia in JS o tela?

Question

Buone persone - Ho bisogno di aiuto per trovare un modo per creare un cladogramma interattivo o un albero filogenetico (sì, ho letto tutti i post correlati e non trovo quello che sto cercando). Il fatto è che ho bisogno che i nodi siano nominativi. Un esempio potrebbe essere qualcosa di simile a questo

La maggior parte degli script che trovo sono applet, flash o semplicemente non mostrano la classificazione del nodo, cioè salta "feliformia" in questo esempio. Questo è inutile per me, perché poi finirei con il carnivoro - nodo anonimo - nodo anonimo - nodo anonimo - tigre, e non va bene.

Questo albero in teoria coprirà tutta la vita, quindi potrebbe diventare piuttosto grande e ottenere collegamenti e nomi in inglese e latino dal database.

Quindi: nessun flash, nessuna applet. Deve essere orizzontale, senza supertrees (circolare). Ho attraversato questo http://bioinfo.unice.fr/biodiv/Tree_editors.html ma la maggior parte di essi sembra essere vecchia, non mostra i livelli di sottonodi, le applet o troppo complesse.

Immagino che questo sarebbe un lavoro delizioso per canvas/jQuery ..? E c'è la possibilità che qualcuno sia arrivato prima di me?

Qualsiasi suggerimento molto apprezzato.

Nota: se qualcuno là fuori vorrebbe fare qualcosa di simile a questo progetto, sarò felice di aiutare, anche se non mi gioverebbe per questo progetto. Questo tipo di tassonomia non è così semplice come potrebbe sembra, e sarei felice di vederlo accadere.

Modifica: un anno è trascorso; Penso ancora che questa sia una domanda molto interessante. Sono stato fuori dal mondo tecnologico per un incantesimo; quindi se qualcuno ha trovato qualcosa che sembra promettente per un progetto su larga scala ... io sono tutto orecchie.

Answer 1

Sto studiando da solo la stessa domanda da quasi un anno. La migliore libreria che ho trovato fino ad oggi è d3.js, il successore di protovis.js. La buona notizia è che il dendrogramma d3.js e l'albero del nodo-link dovrebbero essere sufficientemente flessibili per qualsiasi/tutte le tue esigenze; ma la cattiva notizia è che probabilmente dovrai scrivere la tua logica di tassonomia e la logica dell'interattività.

http://mbostock.github.com/d3/ex/cluster.html

http://mbostock.github.com/d3/ex/tree.html

Per affrontare erbaceo, le librerie d3.js fanno, infatti, utilizzano SVG in linea di HTML5.
Abigail

ps: trovato un tutorial sull'utilizzo del dendrogramma interattivo e su come costruire la logica della tassonomia. http://blog.pixelingene.com/2011/07/building-a-tree-diagram-in-d3-js/

Answer 2

Hai guardato Wakanda? Penso che il modello di origine dati può fornire una struttura che è adatto ... http://www.wakanda.org/

Answer 3

realtà ho messo insieme uno script d3 che fa proprio questo, trovare qui: https://github.com/ConstantinoSchillebeeckx/phylogram_d3