R ottenere righe in base a più condizioni - uso dplyr e reshape2

Question

df <- data.frame(
    exp=c(1,1,2,2), 
    name=c("gene1", "gene2", "gene1", "gene2"), 
    value=c(1,1,3,-1) 
    ) 

nel tentativo di ottenere customed al dplyr e reshape2 mi sono imbattuto in un modo "semplice" per selezionare le righe sulla base di una serie di condizioni. Se voglio avere quei geni (la variabile name) che hanno value sopra 0 nell'esperimento 1 (exp == 1) E allo stesso tempo value sotto 0 nell'esperimento 2; in df questo sarebbe "gene2". Certo, ci devono essere molti modi per farlo, ad es. sottoinsieme df per ciascuna serie di condizioni (exp == 1 & valore> 0, e exp == 2 e il valore < 0) e poi si uniscono i risultati di questi sottoinsieme:

library(dplyr)  
inner_join(filter(df,exp == 1 & value > 0),filter(df,exp == 2 & value < 0), by= c("name"="name"))[[1]] 

Anche se questo funziona se sembra molto fastidioso e ritengo che tale filtro condizionato si trovi al centro di reshape2 e dplyr ma non riesca a capire come farlo. Qualcuno mi può illuminare qui?

Answer 1

Un'alternativa che viene in mente è quella di trasformare i dati in un formato "largo" e quindi fare il filtraggio.

Ecco un esempio di utilizzo "data.table" (per la comodità dei composti-dichiarazioni):

library(data.table) 
dcast.data.table(as.data.table(df), name ~ exp)[`1` > 0 & `2` < 0] 
#  name 1 2 
# 1: gene2 1 -1 

---

Allo stesso modo, con "dplyr" e "tidyr":

library(dplyr) 
library(tidyr) 
df %>% 
    spread(exp, value) %>% 
    filter(`1` > 0 & `2` < 0) 

Answer 2

Probabilmente questo è ancora più complicata di quanto la vostra soluzione, ma penso che abbia un tatto "dplyr":

df %>% 
    filter((exp == 1 & value > 0) | (exp == 2 & value < 0)) %>% 
    group_by(name) %>% 
    filter(length(unique(exp)) == 2) %>% 
    select(name) %>% 
    unique() 

#Source: local data frame [1 x 1] 
#Groups: name 

# name 
#1 gene2 

Answer 3

Un'altra opzione è dplyr:

group_by(df, name) %>% filter(value[exp == 1] > 0 & value[exp == 2] < 0) 

#Source: local data frame [2 x 3] 
#Groups: name 
# 
# exp name value 
#1 1 gene2  1 
#2 2 gene2 -1 

Answer 4

filter consente a più parametri con virgola, sames come select. Ogni condizione in più è un AND:

group_by(df, name) %>% filter(value[exp == 1] > 0, value[exp == 2] < 0)

Da documentazione ufficiale: https://cran.rstudio.com/web/packages/dplyr/vignettes/introduction.html

Gli esempi riportati sono:

• flights[flights$month == 1 & flights$day == 1, ] a base di R

• filter(flights, month == 1, day == 1) in dplyr .