Va bene usare lo stesso file di input come output di un comando piped?

Question

considerare qualcosa di simile:

cat file | command > file 

è questa buona pratica? Questo potrebbe sovrascrivere il file di input nello stesso momento in cui lo stiamo leggendo, o viene sempre letto prima in memoria e poi inviato al secondo comando?

Ovviamente, posso usare i file temporanei come tappa intermedia, ma mi chiedo solo ..

t=$(mktemp) 
cat file | command > ${t} && mv ${t} file 

Answer 1

No, non è ok. Tutti i comandi in una pipeline vengono eseguiti contemporaneamente e la shell prepara i reindirizzamenti prima di eseguire i comandi. Quindi, è probabile che il comando sovrascriva il file prima che il gatto lo legga.

È necessario sponge(1) da moreutils.

Answer 2

È inoltre possibile utilizzare qualcosa di simile (non raccomandato, utilizzare i file espliciti temporanei nel codice di produzione):

{ rm file && your_command > file; } < file 

Answer 3

Non solo si dovrebbe non scrivere l'output al vostro ingresso, ma anche si dovrebbe evitare loop tua restituire al tuo input.

Quando si tratta di file di grandi dimensioni, ho cercato

cat *allfastq30 > Sample_All_allfastq30 

ed è generato messaggi di errore:

cat: Sample_All_allfastq30: input file is output file