Creazione di un grafico passo cumulativo in R

Question

Dire che ho questa cornice esempio dati

set.seed(12345) 
n1 <- 3 
n2 <- 10 
n3 <- 60 

times <- seq(0, 100, 0.5) 

individual <- c(rep(1, n1), 
       rep(2, n2), 
       rep(3, n3)) 

events <- c(sort(sample(times, n1)), 
      sort(sample(times, n2)), 
      sort(sample(times, n3))) 

df <- data.frame(individual = individual, events = events) 

che dà

> head(df, 10) 
    individual events 
1   1 72.0 
2   1 75.5 
3   1 87.5 
4   2 3.0 
5   2 14.5 
6   2 16.5 
7   2 32.0 
8   2 45.5 
9   2 50.0 
10   2 70.5 

Vorrei tracciare un grafico passo cumulativo degli eventi in modo che ricevo uno linea per individuo che sale di 1 ogni volta che un evento viene "incontrato".

Quindi, ad esempio, l'individuo 1 sarà da 0 a 72,0, quindi salirà a 1, fino a 75,5 quando diventa 2 e fino a 3 a 87,5 alla fine del grafico.

Quale sarebbe il modo più semplice per farlo?

Answer 1

df$step <- 1 

library(plyr) 
df <- ddply(df,.(individual),transform,step=cumsum(step)) 

plot(step~events,data=df[df$individual==1,],type="s",xlim=c(0,max(df$events)),ylim=c(0,max(df$step)),xlab="time",ylab="step") 
lines(step~events,data=df[df$individual==2,],type="s",col=2) 
lines(step~events,data=df[df$individual==3,],type="s",col=3) 

Answer 2

Uso ggplot2:

library(ggplot2) 

# Add step height information with sequence and rle 
df$step <- sequence(rle(df$individual)$lengths) 

# plot 
df$individual <- factor(df$individual) 
ggplot(df, aes(x=events, group=individual, colour=individual, y=step)) + 
    geom_step() 

Answer 3

C'è anche la funzione stepfun nel pacchetto statistiche. Usando questo, si potrebbe utilizzare il metodo plot per quella classe di oggetti:

sdf <- split(df, individual) 

plot(1, 1, type = "n", xlim = c(0, max(events)), ylim = c(0, max(table(individual))), 
    ylab = "step", xlab = "time") 

sfun <- lapply(sdf, function(x){ 
    sf <- stepfun(sort(x$events), seq_len(nrow(x) + 1) - 1) 
    plot(sf, add = TRUE, col = unique(x$individual), do.points = FALSE) 
})