Come utilizzare una classe ITK in Python

Question

Ho scritto una classe utilizzando ITK in CPP che legge tutti i file in una directory e quindi li media. Mi piacerebbe usare questa classe in una pipeline costruita usando Python.

Avevo già provato a utilizzare Swig per avvolgere il codice del modello, ma secondo lo swig documenation, non ha il supporto dei modelli e i nomi dei tipi devono essere specificati esplicitamente. Ma quando uso lo ITK in Python, l'interfaccia è molto diversa da quella che mi aspetto dal codice del template generato da Swig (il nome del tipo non è specificato nel nome della funzione/classe, il che è contrario a ciò che dice la documentazione di Swig).

Un piccolo frammento dal mio codice illustra l'utilizzo della classe è stata di:

typedef unsigned char PixelType; 
typedef itk::Image<PixelType, 2> ImageType; 
typedef itk::NaryMeanImageFilter< ImageType, ImageType > FilterType; // custom class 
typedef itk::ImageFileReader<ImageType> ReaderType; 
typedef itk::ImageFileWriter<ImageType> WriterType; 

ImageType::Pointer image = ImageType::New(); 
ReaderType::Pointer reader = ReaderType::New(); 
WriterType::Pointer writer = WriterType::New(); 
FilterType::Pointer filter = FilterType::New(); // custom class 

for (unsigned int i = 0; i< fileNames.size(); ++i) 
{ 
    reader->SetFileName(fileNames[i]); 
    filter->SetInput(i, reader->GetOutput()); // custom class 
} 

writer->SetFileName(outName); 
writer->SetInput(filter->GetOutput()); 
writer->Update(); 

Il codice della classe può essere visto nel Git repository. Non ho un problema con l'aumento delle dipendenze del mio progetto usando Boost :: Python ma ho bisogno di un punto di partenza per procedere. Qualsiasi aiuto sarebbe estremamente apprezzato.

Grazie.

UPDATE:

utilizzo atteso in Python sarebbe,

readerType=itk.ImageFileReader[inputImageType] 
reader=readerType.New() 
filterType=itk.NaryMeanImageFilter[inputImageType,inputImageType] 
filter=filterType.New() 

for i in range(0, fileNames.size()): 
    reader.SetFileName(fileNames[i]) 
    filter.SetInput(i, reader->GetOutput()) 

Answer 1

L'idea principale è utilizzare il modulo WrapITK. Fondamentalmente utilizza il wrapping interno ITK e il meccanismo di analisi (utilizzando GCCXML per l'analisi C++ in XML - da trasferire a CastXML in futuro) per generare i file * .i che SWIG utilizza per generare il codice di wrapping Python.

idea di base:

• Diciamo che hanno un filtro ITK 'itkDummy.h', che vuole utilizzare da uno script Python
• Scrivere un file 'itkDummy.wrap' dare le informazioni sui tipi di pixel e inizializzazioni di modelli.
• Utilizza il modulo WrapITK (che è insieme agli attacchi ITK Python) - deve essere verificata, perché ogni volta che ho provato questo, ho continuato a ottenere un errore
• essere felici che itkDummy può essere chiamato da Python

Riferimento: http://www.itk.org/Wiki/ITK/Release_4/Wrapping/BuildProcess

Questo è quello che stavo cercando.

Answer 2

In Itk Guida al software vol. 1 (http://itk.org/ITKSoftwareGuide/html/Book1/ITKSoftwareGuide-Book1ch3.html#x34-410003.7) spiegano che stanno usando il loro involucro composto da:

1. gccxml, che genera file XML da programma C++
2. uno script chiamato igenerator.py, che genera file .i per sorso
3. sorso

non l'ho mai fatto prima, ma si potrebbe provare a passare attraverso il loro pipeline di avvolgimento per vedere come il file generato * .i assomiglia (o forse anche compreso il filtro nel repository locale e ITK vedere se il wrapping funziona automaticamente)