f2py con OMP: impossibile importare il modulo, simbolo non definito GOMP_ *

Question

Speravo di utilizzare openmp per accelerare il mio codice Fortran che eseguo tramite f2py. Tuttavia, dopo aver compilato con successo, non posso importare il modulo in Python.

Per un modulo Fortran95 come questo:

module test 
implicit none 
contains 
subroutine readygo() 
real(kind = 8), dimension(10000) :: q 
!$OMP WORKSHARE 
q = 7 
!$OMP END WORKSHARE 
end subroutine 
end module 

Compilato e importato con questi comandi:

f2py -m SOmod --fcompiler=gnu95 --f90flags='-march=native -O3 -fopenmp' -c SOtest.f95 
python2 -c "import SOmod" 

ottengo un errore. L'errore è per l'importazione: la compilazione funziona bene sia con f2py sia con gfortran direttamente (viene visualizzato solo un avviso relativo all'utilizzo dell'API NumPy deprecato).

Traceback (most recent call last): 
    File "<string>", line 1, in <module> 
ImportError: ./SOmod.so: undefined symbol: GOMP_barrier 

ottengo diversi GOMP_ * errori per le diverse direttive OMP. Senza direttive (ma con flag -openmp) funziona.

Qualsiasi aiuto sarebbe molto apprezzato.

Answer 1

sono stato in grado di riprodurre l'errore su Mac OS X (10.9.5), con gfortran installato utilizzando homebrew, e sono stato in grado di risolvere il problema con l'aggiunta -lgomp al comando:

f2py -m SOmod --fcompiler=gnu95 --f90flags='-march=native -O3 -fopenmp' -lgomp -c SOtest.f95 

Aggiunto di @Mark: nota che -lgomp è un argomento per f2py, non per gfortran. Sebbene compili solo con il numero -gomp, sono necessari sia lo standard -gomp e -fopenmp per essere parallelo, come descritto in here. GOMP è l'implementazione GNU openMP.