Barplot raggruppato in R con barre di errore

Question

Gentile utente StackOverflow,

Vorrei disegnare un barcode raggruppato con barre di errore. Ecco il tipo di figura sono stato in grado di ottenere fino ad oggi, e questo è ok per quello che mi serve:

E qui è il mio script:

#create dataframe 
Gene<-c("Gene1","Gene2","Gene1","Gene2") 
count1<-c(12,14,16,34) 
count2<-c(4,7,9,23) 
count3<-c(36,22,54,12) 
count4<-c(12,24,35,23) 
Species<-c("A","A","B","B") 
df<-data.frame(Gene,count1,count2,count3,count4,Species) 
df 

mean1<-mean(as.numeric(df[1,][c(2,3,4,5)])) 
mean2<-mean(as.numeric(df[2,][c(2,3,4,5)])) 
mean3<-mean(as.numeric(df[3,][c(2,3,4,5)])) 
mean4<-mean(as.numeric(df[4,][c(2,3,4,5)])) 
Gene1SpeciesA.stdev<-sd(as.numeric(df[1,][c(2,3,4,5)])) 
Gene2SpeciesA.stdev<-sd(as.numeric(df[2,][c(2,3,4,5)])) 
Gene1SpeciesB.stdev<-sd(as.numeric(df[3,][c(2,3,4,5)])) 
Gene2SpeciesB.stdev<-sd(as.numeric(df[4,][c(2,3,4,5)])) 

ToPlot<-c(mean1,mean2,mean3,mean4) 

#plot barplot 
plot<-matrix(ToPlot,2,2,byrow=TRUE) #with 2 being replaced by the number of genes! 
tplot<-t(plot) 
BarPlot <- barplot(tplot, beside=TRUE,ylab="count", 
       names.arg=c("Gene1","Gene2"),col=c("blue","red")) 

#add legend 
legend("topright", 
     legend = c("SpeciesA","SpeciesB"), 
     fill = c("blue","red")) 

#add error bars 
ee<-matrix(c(Gene1SpeciesA.stdev,Gene2SpeciesA.stdev,Gene1SpeciesB.stdev,Gene2SpeciesB.stdev),2,2,byrow=TRUE)*1.96/sqrt(4) 
tee<-t(ee) 
error.bar(BarPlot,tplot,tee) 

Il problema è che ho bisogno di fare questo per 50 geni e 4 specie, quindi la mia sceneggiatura sarà super super lunga e immagino che non sia ottimizzata ... Ho provato a trovare aiuto here ma non riesco a capire un modo migliore per fai quello che mi piacerebbe. Se non avessi bisogno di barre di errore, avrei potuto adattare this script ma la parte difficile è combinare ggplot con bellissimi bar e barre di errore! ;)

Se hai qualche idea per ottimizzare il mio script, lo apprezzerei davvero! :)

Grazie mille!

Answer 1

Partendo dalla sua definizione di df, è possibile farlo in poche righe:

library(ggplot2) 

cols = c(2,3,4,5) 
df1 = transform(df, mean=rowMeans(df[cols]), sd=apply(df[cols],1, sd)) 

# df1 looks like this 
# Gene count1 count2 count3 count4 Species mean  sd 
#1 Gene1  12  4  36  12  A 16.00 13.856406 
#2 Gene2  14  7  22  24  A 16.75 7.804913 
#3 Gene1  16  9  54  35  B 28.50 20.240224 
#4 Gene2  34  23  12  23  B 23.00 8.981462 

ggplot(df1, aes(x=as.factor(Gene), y=mean, fill=Species)) + 
    geom_bar(position=position_dodge(), stat="identity", colour='black') + 
    geom_errorbar(aes(ymin=mean-sd, ymax=mean+sd), width=.2,position=position_dodge(.9))