Installazione R Pacchetti Error in readRDS (file): errore di lettura dal collegamento

Question

Ogni volta che provo ad installare qualsiasi pacchetto in R su Ubuntu 14.04, sto ottenendo il seguente errore:

Error in readRDS(file) : error reading from connection 

vivamente grato se qualcuno mi aiuta a capire questo problema. Grazie

Ho già provato i metodi dati here ma non ho potuto risolvere il problema.

Answer 1

1- Installare l'ultima versione di R form il CRAN e provare a installare un pacchetto.

2- Se è possibile controllarlo con un altro account utente.

3- Provare a installare il pacchetto R locally.

4- Se è presente un file di RDS creato dalla vecchia versione di R si può avere un altro tipo di problema, questo è il monito da R aiuto:

Warning

These functions have provided a stable interface since R 2.4.0 (when the storage of serialized objects was changed from character to raw vectors). However, the serialization format may change in future versions of R, so this interface should not be used for long-term storage of R objects.

On 32-bit platforms a raw vector is limited to 2^31 - 1 bytes, but R objects can exceed this and their serializations will normally be larger than the objects.

Rif: help (serializzare)

Answer 2

Ho avuto questo errore su Windows 10 dopo aver installato R 3.4.0 da 3.3.1 (tutti i 64 bit). È stato risolto installando manualmente un pacchetto non correlato da CRAN (ho utilizzato ggplot2). Non ho idea di quale fosse la causa principale, ma forse questo funzionerà anche per te.

uscita dal mio codice:

> library(pacman) 
> p_load(plyr, XLConnect, ggplot2, stringr, magrittr, kirkegaard, lubridate, weights, psych, psychometric, polycor, effsize, readr) 
Installing package into ‘C:/Users/Emil/Documents/R/win-library/3.4’ 
(as ‘lib’ is unspecified) 
Error in install.packages : error reading from connection 
Error in loadNamespace(name) : there is no package called ‘BiocInstaller’ 

Poi ho riavviato R, e corse lo stesso codice:

> library(pacman) 
> p_load(plyr, XLConnect, ggplot2, stringr, magrittr, kirkegaard, lubridate, weights, psych, psychometric, polycor, effsize, readr) 
Installing package into ‘C:/Users/Emil/Documents/R/win-library/3.4’ 
(as ‘lib’ is unspecified) 
Error in readRDS(dest) : error reading from connection 

Vale a dire stesso codice, errore diverso. Dispari. Poi ho riavviato di nuovo R e installato un pacchetto casuale, quindi riascolto il mio codice e ha funzionato.

> install.packages("ggplot2") 
Warning in install.packages : 
    cannot open URL 'http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/src/contrib/PACKAGES.rds': HTTP status was '404 Not Found' 
Installing package into ‘C:/Users/Emil/Documents/R/win-library/3.4’ 
(as ‘lib’ is unspecified) 
Warning in install.packages : 
    cannot open URL 'http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/bin/windows/contrib/3.4/PACKAGES.rds': HTTP status was '404 Not Found' 
trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.4/ggplot2_2.2.1.zip' 
Content type 'application/zip' length 2782171 bytes (2.7 MB) 
downloaded 2.7 MB 

package ‘ggplot2’ successfully unpacked and MD5 sums checked 

The downloaded binary packages are in 
    C:\Users\Emil\AppData\Local\Temp\RtmpCq4cFX\downloaded_packages 
> library(pacman) 
> p_load(plyr, XLConnect, ggplot2, stringr, magrittr, kirkegaard, lubridate, weights, psych, psychometric, polycor, effsize, readr) 
Installing package into ‘C:/Users/Emil/Documents/R/win-library/3.4’ 
(as ‘lib’ is unspecified) 
trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.4/effsize_0.7.1.zip' 
Content type 'application/zip' length 36713 bytes (35 KB) 
downloaded 35 KB 

package ‘effsize’ successfully unpacked and MD5 sums checked 

The downloaded binary packages are in 
    C:\Users\Emil\AppData\Local\Temp\RtmpCq4cFX\downloaded_packages 

effsize installed 

Quindi, l'errore sembra aver avuto qualcosa a che fare con pacman tenta di installare effsize.

Answer 3

mi stavo errore di esecuzione install.packages("mice")

1. Ho provato di tutto suggerito da user1436187.
2. Dopo questo ho provato a eseguire update.packages(). ha ricevuto lo stesso errore. Ho anche ricevuto un messaggio di errore in cui non era in grado di eseguire alcun comando a causa delle autorizzazioni.
3. Ho chiuso la sessione corrente di R e l'ho riavviata nuovamente come amministratore.
4. comando che stava dando l'errore in precedenza install.packages("mice")

Questo ha funzionato per me Ran.

Answer 4

Assicurarsi che si sta salvando il file rds nel formato corretto:

saveRDS(model, "path/file.rds") 

quindi leggere il file .rds utilizzando

model <- readRDS("path/file.rds") 

Answer 5

stavo affrontando lo stesso errore quando ho installato la versione più recente di R molte volte la versione più recente non è stabile (per me era 3.4.2 il 08/11/2017). Ho disinstallato e installato 3.4.1 (versione precedente stabile), ora non c'è nessun problema.

Answer 6

Ho avuto lo stesso problema:

readRDS(file) : error reading from connection.I did follow: 

ho trovato file.rds nella cartella Downloads, poi ha fatto copia dei file e messo in un'altra cartella. E poi ho scelto directory in:

R Session->Set working Directory->Choose directory->my new folder 

Dopo questa azione funziona

E una cosa interessante. Quando ho copiato il file scaricato dalla funzione download.file ("http://..../file.rds", "file.rds") e inserito il file nella cartella-directory, il problema è rimasto. Ma quando ho copiato il link http://....../file.rds e incollato nella barra degli indirizzi, il file è stato scaricato nella cartella Download sul mio computer da cui l'ho copiato e spostato nella cartella -directory. Quindi non ho scaricato il file con la funzione di R download.file, ho copiato il file da Download e l'ho inserito nella cartella-directory. In questo caso, funziona