Come eseguire neato da pygraphviz su Windows

Question

Sto cercando di utilizzare pygraphviz e networkx in python (v 2.7) per creare una mappa di rete. Ho trovato uno script che sembra molto utile su StackOverflow:

import networkx as nx 
import numpy as np 
import string 
import pygraphviz 

dt = [('len', float)] 
A = np.array([(0, 0.3, 0.4, 0.7), 
       (0.3, 0, 0.9, 0.2), 
       (0.4, 0.9, 0, 0.1), 
       (0.7, 0.2, 0.1, 0) 
       ])*10 
A = A.view(dt) 

G = nx.from_numpy_matrix(A) 
G = nx.relabel_nodes(G, dict(zip(range(len(G.nodes())),string.ascii_uppercase)))  

G = nx.to_agraph(G) 

G.node_attr.update(color="red", style="filled") 
G.edge_attr.update(color="blue", width="2.0") 

G.draw('/tmp/out.png', format='png', prog='neato') 

ottengo un errore sull'ultima riga, in fondo non riesce a trovare Neato:

"ValueError: Program neato not found in path."

L'errore fa riferimento al file agraph.py per pygraphviz, ma non riesco a vedere nulla che potrebbe causare il problema quando guardo attraverso agraph.py

Qualche idea su come risolvere questo problema? Sto usando Windows e IDLE per la mia codifica. Grazie!

Answer 1

Il problema è che pygraphviz chiama un programma esterno, una parte della suite graphviz chiamata neato, per disegnare il grafico. Quello che sta succedendo è che non hai installato graphviz e quando Python prova a chiamarlo si lamenta di non averlo trovato. In realtà pygraphviz è solo un wrapper che ti dà la possibilità di chiamare graphviz da dentro python, ma di per sé non fa nulla e non installa graphviz di default.

La soluzione più semplice è provare una soluzione diversa per la trama anziché neato. l'opzione accettata è:

neato 
dot 
twopi 
circo 
fdp 
nop 

provare uno di questi e vedere se uno di loro funziona. Altrimenti puoi installare graphviz, che ti darà il programma richiesto. È un programma open source disponibile su ogni piattaforma, quindi non dovrebbe essere un problema installarlo.

vediamo al http://www.graphviz.org/

Se avete semplicemente bisogno di avere uno schizzo del grafico è possibile utilizzare la funzione di networkx.draw su un grafico NetworkX, che matplotlib utilizza per creare una trama interattiva.

import networkx as nx 
G = G=nx.from_numpy_matrix(A) 
nx.draw(G) 

Answer 2

Ho avuto lo stesso problema. Ecco cosa ho fatto nel caso che qualcun altro stia cercando di far funzionare pygraphvis su Windows.

Prima di tutto, ho installato graphviz. Ho provato a installare pygraphvis thrugh pip, ma si è rifiutato di funzionare. Alla fine, ho trovato i binari non ufficiali di Windows, quindi l'ho installato. L'importazione del modulo ora funziona, ma chiamare G.layout() ha portato all'errore sopra riportato.

Chiamare neato -V ha funzionato, quindi era sul mio PERCORSO. Ho capito che il problema era che Python era in esecuzione in un prompt dei comandi che è stato creato prima di installare pygraphvis, quindi PATH non è stato aggiornato. Il riavvio del prompt dei comandi lo ha corretto, ma ha portato a un nuovo errore, qualcosa su C:\Program non essendo un comando valido.

Ho immaginato che probabilmente Pygraphvis non riuscisse a citare correttamente il percorso, il che significa che si interrompe nello spazio in Programmi. Ho risolto il problema associandolo a un tracciato senza spazi.

mklink /d C:\ProgramFilesx86 "C:\Program Files (x86)" 

Si noti che questo deve essere eseguito in modalità amministratore. Puoi farlo andando al menu di avvio, digitando cmd, quindi premendo Ctrl + Maiusc + Invio.

Dopo questo, ho modificato il mio PERCORSO per fare riferimento al link simbolico, al riavvio di cmd e tutto ha funzionato.