Problemi di installazione pacchetto GenomicFeatures

Question

Mi spiace essere tornato così presto con una semplice domanda di installazione, ma la mia incapacità di risolverlo personalmente sta compromettendo seriamente la mia produttività. Ad ogni modo, ho provato ad installare GenomicFeatures come suggerito dal sito Web di BC.

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
> biocLite("GenomicFeatures") 

ho ricevuto i seguenti messaggi di errore (oltre a diversi messaggi di avviso)

ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’ 
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/RCurl’ 
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘rtracklayer’ 
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/rtracklayer’ 
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘biomaRt’ 
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/biomaRt’ 
ERROR: dependencies ‘rtracklayer’, ‘biomaRt’, ‘RCurl’ are not available for package ‘GenomicFeatures’ 
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/GenomicFeatures’ 

Così qualche problema con le dipendenze credo, ma mi sembra strano che sarebbero stati installati automaticamente prima del GF . Sto usando la versione 2.15.0. Qualche indizio su quale potrebbe essere il problema? Sarei felice di fornire ulteriori informazioni, se necessario. Grazie.

Answer 1

Martin Morgan ha una soluzione che credo funzioni nei commenti. Ne parlerò un po '.

I messaggi di errore indicano che sono necessari i pacchetti RCurl e XML installati. Entrambi questi pacchetti richiedono che il tuo sistema abbia determinati pacchetti di sviluppo su di essi. Sembra che tu stia utilizzando Linux. Se si sta utilizzando un sistema basato su Debian (Debian, Ubuntu, Mint, ...) quindi per l'installazione di RCurl è necessario installare libcurl4-openssl-dev e per l'installazione di XML è necessario installare libxml2-dev. È possibile ottenere questo risultato in modo relativamente facile sulla riga di comando digitando

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libxml2-dev 

Questo dovrebbe installare i pacchetti necessari e le eventuali dipendenze. Poi si dovrebbe essere in grado di installare i pacchetti RCurl e XML dall'interno R.

install.packages("RCurl") 
install.packages("XML") 

A questo punto si hanno le dipendenze richieste e dovrebbe essere in grado di installare GenomicFeatures da Bioconductor.

source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite("GenomicFeatures") 

Solo una nota per coloro che utilizzano Windows - sempre RCurl e XML non è necessariamente facile, tuttavia, il Dr. Brian Ripley fornisce binari per questi pacchetti a his website e si possono scaricare da lì abbastanza facilmente. Inizialmente, quando ho visto che c'erano problemi con RCurl e XML, pensavo che dovesse essere un utente Windows finché non ho visto gli errori reali e ho capito che si trattava di un utente Linux.