Ordinare un file delimitato da tabulazione in base al comando di ordinamento delle colonne bash

Question

Sto cercando di ordinare questo file in base alla quarta colonna. Voglio che il file venga riordinato in base ai valori della quarta colonna.

File:

2 1:103496792:A 0 103496792 
3 1:103544434:A 0 103544434 
4 1:103548497:A 0 103548497 
1 1:10363487:T 0 10363487 

voglio farlo ordinati in questo modo:

1 1:10363487:T 0 10363487 
2 1:103496792:A 0 103496792 
3 1:103544434:A 0 103544434 
4 1:103548497:A 0 103548497 

Ho provato questo comando:

sort -t$'\t' -k1,1 -k2,2 -k3,3 -k 4,4 <filename> 

Ma ottengo l'errore nome di variabile illegale. Qualcuno può aiutarmi con questo?

Answer 1

Per ordinare sulla quarta colonna utilizzare solo il selettore -k 4,4.

sort -t $'\t' -k 4,4 <filename> 

Si potrebbe anche voler -V che ordina numeri in modo più naturale. Ad esempio, ottenendo 1 2 10 anziché 1 10 2 (ordine lessicografico).

sort -t $'\t' -k 4,4 -V <filename> 

se stai ricevendo gli errori sul $'\t' quindi assicurarsi che la shell è bash. Forse ti manca #!/bin/bash nella parte superiore del tuo script?

Answer 2

Credo che tu abbia un errato $ nel tuo comando.

Prova:

sort -t\t -nk4