mappa raster e ggplot che non si allinea in R

Question

Sto provando a tracciare un raster spaziale usando ggplot2.

require(raster) 
require(ggplot2) 

dati download, carico come un raster usando il pacchetto raster. Maggiori dettagli su questo prodotto di dati possono essere trovati here. Quindi converti il ​​raster in punti in modo che giochi bene con ggplot.

system('wget https://www.dropbox.com/s/7jsdqgc9wjcdznv/NADP_wet_deposition_nh4_0.5x0.5_grid_annual_R1.txt') 
layer<- raster("path/to/raster/NADP_wet_deposition_nh4_0.5x0.5_grid_annual_R1.txt") #you need to specify your own path here, wherever the downloaded file is saved. 
raster.points <- rasterToPoints(layer) 
raster.points <- data.frame(raster.points) 
colnames(raster.points) <-c('x','y','layer') 

Ora usare ggplot2 per fare una mappa, e porre sopra il raster.

mp <- NULL 
#grab US map and choose colors 
map.US <- borders("usa", colour='white',fill='black', lwd=0.4) 
mp <- ggplot(data=raster.points, aes(y=y, x=x)) 
mp <- mp + map.US 
mp <- mp + geom_raster(aes(fill=layer)) 
mp <- mp + theme(axis.text.y=element_blank(), 
       axis.text.x=element_blank(), 
       axis.title.y=element_blank(), 
       axis.title.x=element_blank(), 
       axis.ticks=element_blank(), 
       panel.background = element_rect(fill='black'), 
       plot.background = element_rect(fill='black'), 
       panel.grid.major=element_blank(), 
       panel.grid.minor=element_blank()) 
mp 

L'output è simile al seguente:

Come si può vedere, le cose quasi line up, ma non del tutto. tutto è spostato leggermente a destra. Che cosa potrebbe causare questo e come posso risolverlo?

Answer 1

In seguito alla documentazione ORNL, il confine del grafico Ndep è in realtà allineato con gli angoli inferiori sinistro della griglia. Per ottenere le posizioni xey allineate con i punti medi (predefinito in ggplot), è necessario spostare le posizioni x di 1 intervallo di griglia. Poiché l'intervallo di griglia è di 0,5 gradi nel caso, ho sottratto mezzo grado dal mio vettore di coordinate x.

La soluzione a questo problema è stata suggerita da @ 42 nei commenti.

Quindi, come prima, scaricare i dati:

system('wget https://www.dropbox.com/s/7jsdqgc9wjcdznv/NADP_wet_deposition_nh4_0.5x0.5_grid_annual_R1.txt') 
layer<- raster("path/to/raster/NADP_wet_deposition_nh4_0.5x0.5_grid_annual_R1.txt") #you need to specify your own path here, wherever the downloaded file is saved. 
raster.points <- rasterToPoints(layer) 
raster.points <- data.frame(raster.points) 
colnames(raster.points) <-c('x','y','layer') 

E cruciale, sottrazioni mezzo grado dalla x-vettore di coordinate.

raster.points$x <- raster.points$x - 0.5 

Ora, andare avanti e la trama:

mp <- NULL 
#grab US map and choose colors 
map.US <- borders("usa", colour='white',fill='black', lwd=0.4) 
mp <- ggplot(data=raster.points, aes(y=y, x=x)) 
mp <- mp + map.US 
mp <- mp + geom_raster(aes(fill=layer)) 
mp <- mp + theme(axis.text.y=element_blank(), 
       axis.text.x=element_blank(), 
       axis.title.y=element_blank(), 
       axis.title.x=element_blank(), 
       axis.ticks=element_blank(), 
       panel.background = element_rect(fill='black'), 
       plot.background = element_rect(fill='black'), 
       panel.grid.major=element_blank(), 
       panel.grid.minor=element_blank()) 
mp 

tutti allineati!

Answer 2

In base a ciò che 42 e colin dicono, l'ORNL fornisce un file che non è corretto. E probabilmente dovresti dirglielo. Il file ha:

xllcorner -124 
yllcorner 25 

Qualora apparentemente dovrebbe essere:

xllcorner -124.5 
yllcorner 25 

Se è così, questo significa che il file attualmente specifica la coordinate come i bordi della cella, e la y coordinate come centri cellulari. Non va bene per nessuno degli standard. Esistono formati in cui è possibile avere sia x che y rappresentare i bordi delle celle anziché i centri cellulari, ma non uno dei due; e in entrambi i casi, nel formato file usato (arc-ascii) questo non è permesso.

Un buon modo per correggere questo errore, è quello di utilizzare shift dopo la creazione della RasterLayer:

layer < raster("NADP_wet_deposition_nh4_0.5x0.5_grid_annual_R1.txt") 
layer <- shift(layer, -0.5, 0) 

e poi procedere.Questa è una soluzione più generica in quanto consente di utilizzare correttamente i dati raster per scopi diversi rispetto a ggplotting.