Dipende se i file verranno eliminati a seconda se esistessero già nel repository prima del checkout.
Se i file presenti sul server (/var/www/example.org) vengono tracciati nel repository sul server ma il nuovo checkout include una modifica che li ha rimossi, quindi verranno rimossi sul server lato.
Se i file presenti sul server NON sono tracciati nel repository sul server, rimarranno. Dato che Git non ne è a conoscenza, Git non li rimuoverà.
Per sapere se sono tracciati sul server, è possibile eseguire git status <file in question>
. Se dice:
# Untracked files:
# (use "git add <file>..." to include in what will be committed)
#
# <file in question>
Quindi sai che un checkout non rimuoverà.
Basta prendere nota se in seguito esiste in un nuovo checkout rispetto al successivo checkout che rimuove lo rimuoverà.
Usi molto Git? (al contrario di SVN/Mercurial) – Pacerier