Usando Rscript, c'è un modo decente per sopprimere l'output di non script?

Question

Eventuali duplicati:
R suppress startupMessages from dependency

Ho letto sull'utilizzo sink("NUL")/sink("/dev/null"), ma nessuno dei due ha risolto il problema che sto avendo. Anche se mi avvolgo i comandi library() in sink("NUL") e sink(), la mia chiamata a rscript uscite tutti i tipi di informazioni che non voglio vedere:

Loading required package: Matrix 
Loading required package: methods 
Loading required package: lattice 
Loaded glmnet 1.8 

Loading required package: MASS 
Loading required package: lme4 

Attaching package: 'lme4' 

The following object(s) are masked from 'package:stats': 

    AIC, BIC 

Loading required package: R2WinBUGS 
Loading required package: coda 

Attaching package: 'coda' 

The following object(s) are masked from 'package:lme4': 

    HPDinterval 

Loading required package: abind 
Loading required package: foreign 

arm (Version 1.5-05, built: 2012-6-6) 

Working directory is C:/Users/andrews/bootstraps/user/_branches/ER-PoC/Bootstraps/R 


Attaching package: 'arm' 

The following object(s) are masked from 'package:coda': 

    traceplot 

[1] "client=51"   "date='01-01-2011'" 
[1] "01-01-2011" 
[1] 51 

La roba alla fine è l'unica uscita Io in realtà voglio, e anche l'unica uscita che sembro in grado di sopprimere con i comandi sink(). Sembra davvero che ci dovrebbe essere un argomento per Rscript che sopprime questo output (che non compare nemmeno se io I source il mio script nella console) ... qualsiasi input?

Answer 1

Andrew, mi sono imbattuto nella stessa cosa e suppressMessages() non ha rimosso tutto l'output aggiuntivo, ma utilizzando sink() nel formatoavvolto intorno al suppressMessages() funziona.

$ rscript --vanilla -e 'library(Rmpfr)' 
Loading required package: methods 
Loading required package: gmp 
---->8---- 
Loading C code of R package 'Rmpfr': GMP using 32 bits per limb 
---->8---- 


$ rscript --vanilla -e 'suppressMessages(library(Rmpfr))' 
Loading C code of R package 'Rmpfr': GMP using 32 bits per limb 


$ rscript --vanilla -e 'msg.out <- capture.output(suppressMessages(library(Rmpfr)))' 

Che cosa sta succedendo quando si carica il pacchetto Rmpfr è diversi messaggi di avvio ben educati scritti utilizzando la connessione message insieme ad un non così bel messaggio utilizzando la connessione output. Certo, potresti creare e manipolare uno sink() da solo, ma questo è ciò che capture.output() è già configurato per fare.

Forse l'impostazione di un arg verbose per ottenere un po 'più di controllo sarebbe utile ::

$ cat sample.R 
#!/c/opt/R/R-2.15.0/bin/rscript --vanilla 

cmd_args <- commandArgs(TRUE); 

if(length(cmd_args) > 0) { 
    eval(parse(text = cmd_args[1])) 
} 

if(exists("verbose")) { 
    library(Rmpfr) 
} else { 
    msg.trap <- capture.output(suppressMessages(library(Rmpfr))) 
} 

print("Hello") 

che produce ::

$ ./sample.R 
[1] "Hello" 


$ ./sample.R "verbose=TRUE" 
Loading required package: methods 
Loading required package: gmp 

Attaching package: 'gmp' 
---->8---- 
[1] "Hello" 

Un sacco di roba che potrebbe giocare con lì, ma a per lo meno puoi vedere come sopprimere completamente l'output del msg.

Spero che aiuti. Divertiti!