2009-12-15 17 views
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nella diagnostica per immagini, sembra esserci due modi di memorizzare le immagini gigapixel enormi:Formato di file auto-descrittivo per immagini gigapixel?

  1. usare un sacco di immagini JPEG (o confezionati in file o singolarmente) e cuocere un po 'formato indice bizzarra per descrivere ciò che va dove . Puntare su alcuni metadati in qualche altro formato.

  2. Utilizzare la piastrella TIFF e il supporto per più immagini per archiviare in modo pulito le immagini come un singolo file e fornire versioni sottocampionate per la velocità di zoom. Quindi abusare di vari tag TIFF per archiviare i metadati in modi non standard. Inoltre, memorizza le tessere con limiti sovrapposti che devono essere tradotti individualmente in un secondo momento.

In entrambi i casi, il lettore deve comprendere il formato abbastanza bene da capire come disegnare le cose e leggere i metadati.

C'è un modo migliore per archiviare queste immagini? TIFF (o BigTIFF) ha ancora il formato giusto per questo? XMP risolve il problema dei metadati?

I temi principali sono:

  • Memorizzazione delle immagini in un modo che consente per l'accesso casuale rapido (piastrelle)
  • Memorizzazione immagini ricampionato per un rapido zoom (piramide)
  • casi di manipolazione in cui le piastrelle si sovrappongono o sparse (gli scanner funzionano spesso spostando una telecamera su una diapositiva in 2D e catturando solo dove c'è qualcosa da immaginare)
  • Memorizzazione di metadati importanti, incluse immagini associate come l'etichetta di una diapositiva e la miniatura
  • supporto per la memorizzazione lossy

Che tipo di (si spera non proprietarie) Formati le persone usano per memorizzare grandi fotografie aeree o mappe? Queste immagini hanno proprietà simili.

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openzoom deepzoom? –

risposta

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Sembra iniziare con TIFF o BigTIFF e definire un sottoinsieme di tag utile + I metadati XMP potrebbero essere la soluzione giusta. FITS non va bene poiché è fondamentalmente per dati senza perdite e non ha un meccanismo di metadati molto appropriato.

Il problema con TIFF è che consente solo troppa flessibilità, ma un sottoinsieme di TIFF dovrebbe essere accettabile.

La soluzione potrebbe benissimo essere http://ome-xml.org/ e http://ome-xml.org/wiki/OmeTiff.

Sembra DICOM ha ora supporto: ftp://medical.nema.org/MEDICAL/Dicom/Final/sup145_ft.pdf

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PNG potrebbe lavorare per voi. È in grado di gestire immagini di grandi dimensioni, metadati e il formato PNG può avere un numero di interlacing, quindi è possibile ottenere fino a (giù a?) Un'immagine n/8 x n/8 downsampling abbastanza facilmente.

Non sono sicuro che PNG possa eseguire un accesso casuale rapido. È frammentato, ma potrebbe non essere sufficiente.

È possibile rappresentare i dati sparsi con il canale di trasparenza.

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Probabilmente si desidera FITS.

  • dimensione arbitraria
  • 1--3 dati dimensionali
  • intestazione Ampia
  • Ampiamente utilizzati in astronomia e approvato dalla NASA e l'IAU
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FITS supporta la compressione con perdita? –

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Non che io ricordi, ma fondamentalmente è un formato contenitore annotato, quindi puoi memorizzare quello che vuoi lì – dmckee

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Sono un patologo (e hobbisti programmatore), quindi le diapositive virtuali e la patologia digitale sono di enorme interesse. Potresti essere interessato allo OpenSlide project. Hanno caratterizzato un numero di formati proprietari dai grandi venditori (Aperio, BioImagene, ecc.).La maggior parte sembra consistere in uno zoom piramidale (scansionato a diversi obiettivi microscopici, ovviamente), file tiff di grandi dimensioni contenenti più tiffature affiancate o immagini compresse (JPEG o JPEG2000).

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Sì, ho scritto OpenSlide. :) –

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Cheers, quindi :). Cercherò di far sapere al tuo progetto se lo uso mai per qualcosa di utile. Ho lavorato principalmente con i file .svs di Aperio direttamente tramite libtiff e vips. Li rompo in google map-compatbile z-x-y.png/jpg e li memorizzo in un file system come questo: http://informatics.med.nyu.edu/virtualmicroscope/viewer/124 (non sono comunque associato a loro). – DrBloodmoney

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Sì, quella faccenda della NYU era fantastica. vips è ottimo, anche se non può essere d'aiuto per la maggior parte dei bizzarri formati disponibili. –

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JPEG2000 potrebbe essere la pena dare un'occhiata, alcuni sforzi interessanti provenienti dalle biblioteche nazionali in questo spazio.

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Lo standard di settore è DICOM Sup 145; far sì che i venditori lo adottino è stato fiacco, ma inventare un altro formato non sarebbe probabilmente di aiuto.

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