Problema con ggplot2, geom_bar e position = "dodge": impilato ha valori y corretti, evitato non

Question

Sto avendo abbastanza tempo a capire geom_bar() e position="dodge". Stavo cercando di creare dei grafici a barre che illustrassero due gruppi. Originariamente i dati provenivano da due frame di dati separati. Per this question, ho inserito i miei dati nel formato lungo. Il mio esempio:

test <- data.frame(names=rep(c("A","B","C"), 5), values=1:15) 
test2 <- data.frame(names=c("A","B","C"), values=5:7) 

df <- data.frame(names=c(paste(test$names), paste(test2$names)), num=c(rep(1, 
nrow(test)), rep(2, nrow(test2))), values=c(test$values, test2$values)) 

Io uso questo esempio poiché è simile all'esempio di spesa rispetto al budget. La spesa ha molte righe per livello di fattore names mentre il budget ha solo uno (un importo di budget per categoria).

Per un grafico a barre in pila, questo funziona grande:

ggplot(df, aes(x=factor(names), y=values, fill=factor(num))) + 
geom_bar(stat="identity") 

In particolare, notare il valore y maxes. Sono le somme dei dati da test con i valori di test2 mostrati in blu in alto.

Sulla base di altre questioni che ho letto, ho semplicemente bisogno di aggiungere position="dodge" per renderlo un complotto side-by-side contro un impilati uno:

ggplot(df, aes(x=factor(names), y=values, fill=factor(num))) + 
geom_bar(stat="identity", position="dodge") 

sembra grande , ma nota i nuovi valori max y. Sembra che stia prendendo il massimo valore da ciascun livello di fattore nomi da test per il valore y. Non li sta più riassumendo.

Per altre domande (come this one e this one, ho anche provato ad aggiungere l'opzione group= senza successo (produce la stessa trama schivato come sopra):

ggplot(df, aes(x=factor(names), y=values, fill=factor(num), group=factor(num))) + 
geom_bar(stat="identity", position="dodge") 

Non capisco perché il impilate grandi opere e il schivato non significa solo mettere fianco a fianco invece che in cima

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ETA:. ho trovato un recent question su questo sul ggplot google group con il suggerimento di aggiungere alpha=0.5 per vedere cosa sta succedendo. Non è che ggplot stia prendendo il valore massimo da ogni gruppo; in realtà si sovrappongono le barre l'una sopra l'altra per ciascun valore.

Sembra che quando si utilizza position="dodge", ggplot si aspetta solo un y per x. Ho contattato Winston Chang, uno sviluppatore di ggplot per confermare questo e per sapere se questo può essere modificato in quanto non vedo un vantaggio.

Sembra che stat="identity" dovrebbe dire ggplot coincidere il y=val passato all'interno aes() anziché singoli conteggi che avviene senza stat="identity" e quando passa alcun valore y.

Per il momento, la soluzione sembra essere (per il df originale sopra) di aggregare in modo non c'è un solo y per ogni x:

df2 <- aggregate(df$values, by=list(df$names, df$num), FUN=sum) 
p <- ggplot(df2, aes(x=Group.1, y=x, fill=factor(Group.2))) 
p <- p + geom_bar(stat="identity", position="dodge") 
p 

Answer 1

Credo che il problema è che si vuole impilare all'interno dei valori del gruppo num e schivare tra valori di num. Potrebbe aiutare a vedere cosa succede quando aggiungi un contorno alle barre.

library(ggplot2) 
set.seed(123) 
df <- data.frame(
    id  = 1:18, 
    names = rep(LETTERS[1:3], 6), 
    num = c(rep(1, 15), rep(2, 3)), 
    values = sample(1:10, 18, replace=TRUE) 
) 

Per impostazione predefinita, ci sono un sacco di bar stacked - basta non vedere che sono separati a meno che non si dispone di un contorno:

# Stacked bars 
ggplot(df, aes(x=factor(names), y=values, fill=factor(num))) + 
    geom_bar(stat="identity", colour="black") 

Se schivare , ottieni barre evitate tra i valori di num, ma potrebbero esserci più barre all'interno di ciascun valore di num:

# Dodged on 'num', but some overplotted bars 
ggplot(df, aes(x=factor(names), y=values, fill=factor(num))) + 
    geom_bar(stat="identity", colour="black", position="dodge", alpha=0.1) 

Se si aggiunge anche id come var raggruppamento, sarà schivare tutti loro:

# Dodging with unique 'id' as the grouping var 
ggplot(df, aes(x=factor(names), y=values, fill=factor(num), group=factor(id))) + 
    geom_bar(stat="identity", colour="black", position="dodge", alpha=0.1) 

Penso che ciò che si desidera è di entrambi schivare e Stack, ma non puoi fare entrambe le cose. Quindi la cosa migliore è riassumere i dati da soli.

library(plyr) 
df2 <- ddply(df, c("names", "num"), summarise, values = sum(values)) 

ggplot(df2, aes(x=factor(names), y=values, fill=factor(num))) + 
    geom_bar(stat="identity", colour="black", position="dodge")