caret :: treno: specifica i parametri di generazione del modello

Question

Sto utilizzando la libreria caret in R per la generazione del modello. Voglio generare un modello earth (aka MARS) e voglio specificare il parametro degree per questa generazione del modello. Secondo lo documentation (pagina 11) il metodo earth supporta questo parametro.

ricevo il seguente messaggio di errore quando si specifica il parametro:

Come posso evitare questo errore quando si specifica il parametro degree?

> sessionInfo() 
R version 2.15.0 (2012-03-30) 
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) 

locale: 
[1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8  LC_NUMERIC=C    
[3] LC_TIME=en_GB.UTF-8  LC_COLLATE=en_GB.UTF-8  
[5] LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8 
[7] LC_PAPER=C     LC_NAME=C     
[9] LC_ADDRESS=C    LC_TELEPHONE=C    
[11] LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C  

attached base packages: 
[1] stats  graphics grDevices utils  datasets methods base  

other attached packages: 
[1] earth_3.2-3 plotrix_3.4 plotmo_1.3-1 leaps_2.9  caret_5.15-023 
[6] foreach_1.4.0 cluster_1.14.2 reshape_0.8.4 plyr_1.7.1  lattice_0.20-6 

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] codetools_0.2-8 compiler_2.15.0 grid_2.15.0  iterators_1.0.6 
[5] tools_2.15.0 

Answer 1

ho scoperto come farlo, Joran mi ha portato nella giusta direzione:

creare una nuova funzione che genera la griglia di formazione. Questa funzione deve accettare i due parametri len e data. Per recuperare la griglia di allenamento originale, è possibile chiamare il metodo createGrid fornito dal pacchetto caret. È quindi possibile modificare la griglia in base alle proprie esigenze.Ad esempio per il parametro neave nprune invariato e aggiungere degree da 1 a 5 uso il seguente codice:

createMARSGrid <- function(len, data) { 
     g = createGrid("earth", len, data) 
     g = expand.grid(.nprune=g$.nprune, .degree=seq(1,5)) 
     return(g) 
    } 

quindi richiamare in questo modo:

train(formula, data=data, method='earth', tuneGrid = createMARSGrid) 

Answer 2

ho sempre trovato le funzioni in accento circonflesso sia utile e un po 'folli. Ecco cosa sta succedendo.

Si sta tentando di passare un argomento a earth tramite l'argomento ... a train. La documentazione per train contiene questa descrizione per tale argomento:

argomenti passati alla classificazione o di regressione di routine (come foresta casuale). Gli errori si verificheranno se i valori per i parametri di ottimizzazione sono passati a .

Parametro di regolazione, eh? Bene, se scorri verso il basso ed esamini l'elenco ufficiale dei parametri di tuning per ogni tipo di modello, vedrai che per earth, sono degree e nprune.

Così il problema qui è che train è stato progettato per automatizzare alcune griglia di ricerca lungo i parametri di ottimizzazione, e l'argomento ... deve essere utilizzato per il passaggio di ulteriori argomenti al modello funzione di raccordo eccezione per quei parametri di ottimizzazione.

Se si desidera impostare i parametri di regolazione che dovrete usare altri argomenti, in questo modo:

train(Volume~Girth+Height, data=trees, method='earth', 
     tuneGrid = data.frame(.degree = 1,.nprune = 5)) 

Si noti come le colonne sono chiamate con i periodi di punta. Inoltre, è frustrante che poiché il valore predefinito in earth per nprune è NULL, non sono sicuro che sia possibile passare solo i valori predefiniti in questo modo. (In generale, l'impostazione cose a NULL nel frame di dati semplicemente rimuoverli.)