Etichettatura di foglie ggdendro in più colori

Question

Ho una situazione in cui sto tracciando un dendrogramma con punti dati forniti con etichette di classe. Vorrei vedere che il clustering agglomerato raggruppa quelli con la stessa etichetta insieme. La codifica a colori delle etichette facilita la lettura di questo dendrogramma. C'è un modo per raggiungere questo obiettivo con ggdendro in R?

Answer 1

Rubare la maggior parte della messa a punto da this post ...

library(ggplot2) 
library(ggdendro) 
data(mtcars) 
x <- as.matrix(scale(mtcars)) 
dd.row <- as.dendrogram(hclust(dist(t(x)))) 
ddata_x <- dendro_data(dd.row) 

p2 <- ggplot(segment(ddata_x)) + 
    geom_segment(aes(x=x, y=y, xend=xend, yend=yend)) 

... e l'aggiunta di un fattore di raggruppamento ...

labs <- label(ddata_x) 
labs$group <- c(rep("Clust1", 5), rep("Clust2", 2), rep("Clust3", 4)) 
labs 
#  x y text group 
# 1 1 0 carb Clust1 
# 2 2 0 wt Clust1 
# 3 3 0 hp Clust1 
# 4 4 0 cyl Clust1 
# 5 5 0 disp Clust1 
# 6 6 0 qsec Clust2 
# 7 7 0 vs Clust2 
# 8 8 0 mpg Clust3 
# 9 9 0 drat Clust3 
# 10 10 0 am Clust3 
# 11 11 0 gear Clust3 

... si può usare l'argomento aes(colour=)-geom_text() per colorare le etichette:

p2 + geom_text(data=label(ddata_x), 
       aes(label=label, x=x, y=0, colour=labs$group)) 

(Se si desidera fornire i propri colori, è possibile utilizzare scale_colour_manual(), fare qualcosa di simile:

p2 + geom_text(data=label(ddata_x), 
       aes(label=label, x=x, y=0, colour=labs$group)) + 
    scale_colour_manual(values=c("blue", "orange", "darkgreen"))