matplotlib molto lento. È normale?

Question

Sto creando un paio di grafici PDF con matplotlib che è composto da 400 sottotrame. Ognuno ha solo 5 punti dati. Ci vogliono 420 s su un buon computer per salvare 5 foto pdf. C'è un modo per ottimizzare il codice o è normale per matplotlib?

porzione di codice per il tracciato:

plot_cnt = 1 
for k in np.arange(K_min, K_max + 1): 
    for l in np.arange(L_min, L_max + 1): 
     ax = plt.subplot(grid[0], grid[1], plot_cnt) 
     plot_cnt += 1 
     plt.setp(ax, 'frame_on', False) 
     ax.set_ylim([-0.1, 1.1]) 
     ax.set_xlabel('K={},L={}'.format(k, l), size=3) 
     ax.set_xlim([-0.1, 4.1]) 
     ax.set_xticks([]) 
     ax.set_yticks([]) 
     ax.grid('off') 
     ax.plot(np.arange(5), (data['S1']['Azimuth'][:, k - 1, l + offset_l] + \ 
       data['S1']['Delta Speed'][:, k - 1, l + offset_l] + \ 
       data['S1']['Speed'][:, k - 1, l + offset_l])/3, 
       'r-o', ms=1, mew=0, mfc='r') 
     ax.plot(np.arange(5), data['S2'][case][:, k - 1, l + offset_l], 
       'b-o', ms=1, mew=0, mfc='b') 
plt.savefig(os.path.join(os.getcwd(), 'plot-average.pdf')) 
plt.clf() 
print 'Final plot created.' 

Immagine finale:

Answer 1

costruzione fuori di ciò che @rowman Detto questo, si può fare tutto questo in un'assi (come si disattivano tutte le zecche eccetera). Qualcosa di simile:

K_max = 20 
K_min = 0 
L_max = 20 
L_min = 0 
ax = plt.subplot(111) 
x_offset = 7 # tune these 
y_offset = 7 # tune these 
plt.setp(ax, 'frame_on', False) 
ax.set_ylim([0, (K_max-K_min +1)*y_offset ]) 
ax.set_xlim([0, (L_max - L_min+1)*x_offset]) 
ax.set_xticks([]) 
ax.set_yticks([]) 
ax.grid('off') 



for k in np.arange(K_min, K_max + 1): 
    for l in np.arange(L_min, L_max + 1): 
     ax.plot(np.arange(5) + l*x_offset, 5+rand(5) + k*y_offset, 
       'r-o', ms=1, mew=0, mfc='r') 
     ax.plot(np.arange(5) + l*x_offset, 3+rand(5) + k*y_offset, 
       'b-o', ms=1, mew=0, mfc='b') 
     ax.annotate('K={},L={}'.format(k, l), (2.5+ (k)*x_offset,l*y_offset), size=3,ha='center') 
plt.savefig(os.path.join(os.getcwd(), 'plot-average.pdf')) 

print 'Final plot created.' 

Corse in circa un secondo o due. Penso che tutto il tempo sia dedicato all'impostazione dell'oggetto axes che è piuttosto complesso internamente.