Utilizzando AWK per trovare il numero più piccolo e più grande in una colonna?

Question

Se ho un file con poche colonne e voglio usare un comando AWK per mostrare il numero più grande e il più basso in una particolare colonna!

esempio:

a 212 
b 323 
c 23 
d 45 
e 54 
f 102 

voglio che il mio comando per mostrare che il numero più basso è 23 e un altro comando a dire il numero più alto è 323

Non ho idea del motivo per cui le risposte non funzionano ! Ho messo un esempio più realistico del mio file (forse dovrei dire che è scheda determinato)

##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="# high-quality bases"> 
##FORMAT=<ID=SP,Number=1,Type=Integer,Description="Phred-scaled strand bias P-value"> 
##FORMAT=<ID=PL,Number=-1,Type=Integer,Description="List of Phred-scaled genotype likelihoods, number of values is (#ALT+1)*(#ALT+2)/2"> 
#CHROM POS  ID  REF  ALT  QUAL FILTER INFO FORMAT rmdup_wl_25248.bam 
Chr10 247  .  T  C  7.8  .  DP=37;AF1=0.5;CI95=0.5,0.5;DP4=7,1,19,0;MQ=15;FQ=6.38;PV4=0.3,1,0.038,1 GT:PL:GQ  0/1:37,0,34:36 
Chr10 447  .  A  C  75  .  DP=30;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,22,5;MQ=14;FQ=-108 GT:PL:GQ  1/1:108,81,0:99 
Chr10 449  .  G  C  35.2 .  DP=33;AF1=1;CI95=0.5,1;DP4=3,2,20,3;MQ=14;FQ=-44;PV4=0.21,1.7e-06,1,0.34  GT:PL:GQ  1/1:68,17,0:31 
Chr10 517  .  G  A  222  .  DP=197;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,128,62;MQ=24;FQ=-282  GT:PL:GQ  1/1:255,255,0:99 
Chr10 761  .  G  A  27  .  DP=185;AF1=0.5;CI95=0.5,0.5;DP4=24,71,8,54;MQ=20;FQ=30;PV4=0.07,8.4e-50,1,1  GT:PL:GQ  0/1:57,0,149:60 
Chr10 1829 .  A  G  3.01 .  DP=74;AF1=0.4998;CI95=0.5,0.5;DP4=18,0,54,0;MQ=19;FQ=4.68;PV4=1,9.1e-12,0.003,1 GT:PL:GQ  0/1:30,0,45:28 

dovrei dire che ho già aggiungere escluso riga che inizia con # quindi questo è il comando che uso:

awk '$1 !~/#/' | awk -F'\t' 'BEGIN{first=1;} {if (first) { max = min = $6; first = 0; next;} if (max < $6) max=$6; if (min > $6) min=$6; } END { print min, max }' wl_25210_filtered.vcf 

awk '$1 !~/#/' | awk -F'\t' 'BEGIN{getline;min=max=$6} NF{ max=(max>$6)?max:$6 min=(min>$6)?$6:min} END{print min,max}' wl_25210_filtered.vcf 

e

awk '$1 !~/#/' | awk -F'\t' ' 
NR==2{min=max=$6;next} 
NR>2 && NF{ 
    max=(max>$6)?max:$6 
    min=(min>$6)?$6:min 
} 
END{print min,max}' wl_25210_filtered.vcf 

Answer 1

È possibile creare due funzioni definite dall'utente e usarli secondo le specifiche necessità. Questo offrirà una soluzione più generica.

[jaypal:~/Temp] cat file 
a 212 
b 323 
c 23 
d 45 
e 54 
f 102 
[jaypal:~/Temp] awk ' 
function max(x){i=0;for(val in x){if(i<=x[val]){i=x[val];}}return i;} 
function min(x){i=max(x);for(val in x){if(i>x[val]){i=x[val];}}return i;} 
{a[$2]=$2;next} 
END{minimum=min(a);maximum=max(a);print "Maximum = "maximum " and Minimum = "minimum}' file 
Maximum = 323 and Minimum = 23 

Nella soluzione di cui sopra, ci sono 2 funzioni definite dall'utente - max e min. Archiviamo la colonna 2 in un array. Puoi memorizzare ciascuna delle tue colonne in questo modo. Nell'istruzione END è possibile richiamare la funzione e memorizzare il valore in una variabile e stamparlo.

Spero che questo aiuti!

Aggiornamento:

Eseguito il seguente secondo l'ultimo esempio -

[jaypal:~/Temp] awk ' 
function max(x){i=0;for(val in x){if(i<=x[val]){i=x[val];}}return i;} 
function min(x){i=max(x);for(val in x){if(i>x[val]){i=x[val];}}return i;} 
/^#/{next} 
{a[$6]=$6;next} 
END{minimum=min(a);maximum=max(a);print "Maximum = "maximum " and Minimum = "minimum}' sample 
Maximum = 222 and Minimum = 3.01 

Answer 2

awk 'BEGIN{first=1;} 
    {if (first) { max = min = $2; first = 0; next;} 
     if (max < $2) max=$2; if (min > $2) min=$2; } 
    END { print min, max }' file 

Answer 3

Utilizzare i BEGIN e END blocchi per inizializzare e stampare variabili che tengono traccia del minimo e del massimo.

esempio,

awk 'BEGIN{max=0;min=512} { if (max < $1){ max = $1 }; if(min > $1){ min = $1 } } END{ print max, min}' 

Answer 4

Se il file contiene righe vuote, nessuna delle soluzioni postate funzionerà. Per una corretta gestione delle righe vuote provare questo:

$ cat f.awk 
BEGIN{getline;min=max=$6} 
NF{ 
    max=(max>$6)?max:$6 
    min=(min>$6)?$6:min 
} 
END{print min,max} 

Poi eseguire questo comando:

sed "/^#/d" my_file | awk -f f.awk 

In un primo momento cattura la prima riga del file per impostare min e max. Rispetto a ciascuna riga non vuota, utilizzare il controllo operatore ternario, se è stato trovato un nuovo min o massimo. Alla fine il risultato è stampato.

HTH Chris

Answer 5

awk 'BEGIN {max = 0} {if ($6>max) max=$6} END {print max}' yourfile.txt 

Answer 6

Il minimo può essere trovato da:

awk 'BEGIN {min=1000000; max=0;}; { if($2<min && $2 != "") min = $2; if($2>max && $2 != "") max = $2; } END {print min, max}' file 

Questa volontà di uscita del minimo e massimo, separato da virgola