RNetCDF non può aprire il file oggetto condiviso

Question

Sto cercando di installare il pacchetto RNetCDF sul mio portatile (Ubuntu 12.04) con il comando

install.packages('RNetCDF',lib='/home/my_computer/RSCRIPTS/R_LIB/',configure.args="--with-netcdf-include='/home/my_computer/bin/libs4cdo-0.0.10/netcdf-4.2/include/' --with-netcdf-lib='/home/my_computer/local/bin' --with-hdf5-lib='/home/my_computer/local/lib/' --with-udunits-include='/usr/local/lib/' --with-udunits-lib='/usr/local/lib/'",repos='http://star-www.st-andrews.ac.uk/cran/') 

ma il pacchetto non verrà installato. Vedere il messaggio di seguito:

trying URL 'http://star-www.st-andrews.ac.uk/cran/src/contrib/RNetCDF_1.6.1-2.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 70301 bytes (68 Kb) 
opened URL 
================================================== 
downloaded 68 Kb 

* installing *source* package ‘RNetCDF’ ... 
** package ‘RNetCDF’ successfully unpacked and MD5 sums checked 
checking for gcc... gcc -std=gnu99 
checking for C compiler default output file name... a.out 
checking whether the C compiler works... yes 
checking whether we are cross compiling... no 
checking for suffix of executables... 
checking for suffix of object files... o 
checking whether we are using the GNU C compiler... yes 
checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g... yes 
checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89... none needed 
checking for nc_open in -lnetcdf... yes 
checking for utInit in -ludunits2... no 
checking for utScan in -ludunits2... yes 
checking how to run the C preprocessor... gcc -std=gnu99 -E 
checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep 
checking for egrep... /bin/grep -E 
checking for ANSI C header files... yes 
checking for sys/types.h... yes 
checking for sys/stat.h... yes 
checking for stdlib.h... yes 
checking for string.h... yes 
checking for memory.h... yes 
checking for strings.h... yes 
checking for inttypes.h... yes 
checking for stdint.h... yes 
checking for unistd.h... yes 
checking netcdf.h usability... yes 
checking netcdf.h presence... yes 
checking for netcdf.h... yes 
checking udunits.h usability... yes 
checking udunits.h presence... yes 
checking for udunits.h... yes 
configure: creating ./config.status 
config.status: creating R/load.R 
config.status: creating src/Makevars 
** libs 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -I/usr/local/lib/ -I/home/bauduinm/bin/libs4cdo-0.0.10/netcdf-4.2/include/  -fpic -O3 -pipe -g -c RNetCDF.c -o RNetCDF.o 
gcc -std=gnu99 -shared -o RNetCDF.so RNetCDF.o -ludunits2 -lnetcdf -L/home/my_computer/local/lib/ -L/usr/local/lib/ -L/home/my_computer/local/bin -lexpat -L/usr/lib/R/lib -lR 
installing to /home/my_computer/RSCRIPTS/R_LIB/RNetCDF/libs 
** R 
** preparing package for lazy loading 
** help 
*** installing help indices 
** building package indices ... 
** testing if installed package can be loaded 
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
unable to load shared object '/home/my_computer/RSCRIPTS/R_LIB/RNetCDF /libs/RNetCDF.so': 
libexpat.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory 
Error: loading failed 
Execution halted 
ERROR: loading failed 
* removing ‘/home/my_computer/RSCRIPTS/R_LIB/RNetCDF’ 

The downloaded packages are in 
‘/tmp/Rtmpl5MniY/downloaded_packages’ 
Warning message: 
In install.packages("RNetCDF", lib = "/home/my_computer/RSCRIPTS/R_LIB/", : 
    installation of package ‘RNetCDF’ had non-zero exit status 

Quando provo con

sudo R CMD INSTALL --libary='/home/my_computer/RSCRIPTS/R_LIB/' --configure-args="--with-netcdf-include='/home/my_computer/bin/libs4cdo-0.0.10/netcdf-4.2/include/' --with-netcdf-lib='/home/my_computer/local/lib/' --with-hdf5-lib='/home/my_computer/local/lib/' --with-udunits-include=/usr/local/lib/ --with-udunits-lib=/usr/local/lib/" /home/my_computer/Downloads/RNetCDF_1.6.1-2.tar.gz 

il messaggio di errore viene sostituito con

Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
unable to load shared object '/usr/local/lib/R/site-library/RNetCDF/libs/RNetCDF.so': 
    libnetcdf.so.7: cannot open shared object file: No such file or directory 

libnetcdf.so.7 è sicuramente in /home/my_computer/local/lib/ che è anche il mio LD_LIBRARY_PATH . Certo, il libexpat.so.0, che è uno dei file nel primo messaggio di errore (con install.packages), si trova nelle cartelle relative intel che non sembrano avere nulla a che fare con le librerie netcdf.

Qualcuno potrebbe illuminarmi?

Grazie.

Edit: Beh, non lo saprò mai quello che è successo, perché quando ho riprovato 3 giorni più tardi con la stessa identica linea di install.packages di comando il pacchetto installato senza problemi di sorta ... Quindi il mio unico consiglio a qualcuno che può avere la lo stesso problema è disconnettersi da R e ricominciare, nel caso in cui alcuni errori precedenti nella sessione rimanessero nel registro.

Answer 1

Provare ad aggiungere --no-test-load a R CMD INSTALL per evitare l'errore durante l'installazione.

Quindi verificare se è possibile caricare il pacchetto in una normale sessione R (con library(RNetCDF)). Se questo non riesce a causa della 'non riesce a caricare oggetto condiviso' errore:

1. controllo se R usa i tuoi $ LD_LIBRARY_PATH con Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH")
2. guardare l'output di ldd /usr/local/lib/R/site-library/RNetCDF/libs/RNetCDF.so e vedere se il libnetcdf.so.7 viene risolto al percorso che è incluso in LD_LIBRARY_PATH di R

BTW, non ho avuto problemi l'installazione RNetCDF utilizzando il libnetcdf che viene fornito con Ubuntu (apt-get install libnetcdf-dev [versione 4.1.1]); a meno che tu non abbia assolutamente bisogno della versione 4.2 di libnetcdf potresti provare questo.