Sto analizzando i dati relativi ai campi reed. Le variabili che ho misurato sono profondità dell'acqua, altezza canna, densità reed, ecc. Poiché alcune variabili dipendono, ho eseguito un PCA per ridurre queste variabili a 2 assi PCA (N = 104).Estrazione degli assi PCA per ulteriori analisi
Per l'esecuzione del PCA ho usato il pacchetto vegan
in R. I miei dati simile a questa:
row.names Waterpeil hoogte_max Som Leeftijd_riet PFD oppervlakte onderlaag_num afst_rand
1 1 5 2.5 51 0.15686274 1.616921 8.127192 2 24.154590
2 3 9 2.5 44 0.13636364 1.564643 9.023642 2 8.349288
3 4 0 2.5 84 0.30952381 1.352548 8.498775 2 26.226896
4 5 0 3.5 58 0.43103448 1.384183 9.301617 1 57.320000
5 6 40 2.5 52 0.42307692 1.361262 10.316058 1 45.470000
6 7 5 3.0 19 0.00000000 1.429287 9.927788 1 36.720000
7 9 0 2.5 64 0.28125000 1.355100 8.029911 2 19.560000
8 11 120 3.5 29 0.03448276 1.336117 11.147484 1 252.630000
9 14 0 2.0 27 0.07407407 1.847756 7.445060 2 1.864342
10 16 20 2.5 57 0.24561404 1.582308 8.425177 2 9.490196
11 17 5 3.0 54 0.01851852 1.348305 9.315008 2 15.960000
12 18 0 1.5 5 1.00000000 1.643657 8.063648 2 6.526300
13 21 0 2.0 18 0.05555556 1.394964 8.752185 2 37.576955
14 22 20 2.0 48 0.16666667 1.617045 8.911028 1 11.592383
15 25 0 2.5 71 0.42253521 1.749114 7.271499 2 6.572772
16 26 0 2.0 50 0.30000000 1.464582 7.349908 2 9.849276
17 27 5 2.5 61 0.34426229 1.511217 8.379012 2 14.082827
18 28 5 2.0 123 0.06504065 1.538188 8.271017 2 11.658142
19 29 100 3.0 75 0.44000000 1.896483 7.968603 1 9.071897
20 30 100 3.0 95 0.55789474 1.768147 8.367626 1 2.300783
21 32 0 3.0 74 0.45945946 1.458793 9.453464 2 57.210000
22 33 15 3.0 66 0.24242424 1.572704 7.620507 1 8.700000
23 34 5 3.0 83 0.38554217 1.436063 11.636262 1 50.613265
24 35 5 2.5 58 0.31034483 1.313440 9.370347 2 52.605041
25 36 20 2.5 91 0.28571429 1.544032 8.451961 1 9.713351
26 37 10 2.5 34 0.23529412 1.524725 9.348687 2 6.920026
27 38 20 2.5 48 0.41666667 1.584892 7.780915 1 11.302639
28 39 40 2.5 51 0.15686274 1.535552 6.994035 1 18.999423
29 40 35 2.5 48 0.45833333 1.460579 9.073331 1 12.869075
30 41 5 3.0 58 0.43103448 1.747669 7.628542 2 3.860225
31 42 25 2.5 36 0.52777778
ho fatto questo, questo è l'uscita per i primi due assi:
y<-rda(nestendca2)
summary(y)
PC1 PC2
Waterpeil 13.816422 -2.312641
hoogte_max 0.094747 -0.014497
Som 2.955029 10.812549
Leeftijd_riet 0.016476 0.019629
PFD 0.007361 -0.003386
oppervlakte 0.052943 0.039657
Ora voglio implementare questi due assi in una regressione logistica, mettendola in relazione con il successo riproduttivo di un rapace che cresce in questi campi.
Come posso fare questo?
Si prega di rendere riproducibile la situazione, cioè di fornirci i dati e il codice necessari per imitare la situazione. Vedi http://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great-r-reproducible-example per ulteriori suggerimenti su come farlo. –