setup.py h5py su Mac: File non trovato hdf5.h

Question

sto costruendo h5py su Mac, seguendo le istruzioni "edificio contro HDF5 parallelo" in questo link: http://docs.h5py.org/en/latest/build.html

$ export CC=mpicc 
$ python setup.py configure --mpi 
$ sudo python setup.py build 

ottengo questo errore:

h5py-2.5.0/h5py/api_compat.h:27:10: fatal error: 'hdf5.h' file not found 

Cosa devo fare? Se devo installare qualche versione dev di HDF5, come posso farlo su Mac?

Answer 1

mi è stato sempre lo stesso messaggio di errore ieri, facendo un impianto generale della HDF5 (non costruire contro parallelo). Sono stato in grado di aggirare il problema utilizzando Homebrew (un gestore di pacchetti per OS X che può essere trovato qui: http://brew.sh/).

Una volta installato Homebrew (se non lo si possiede già), il comando è brew install hdf5.

Answer 2

Potete trovare hdf5.h lib nel vostro Unix e situato in cPath varible

FreeBSD 11 esempio:

>> find /usr -iname "*hdf5.h*" 
<< /usr/local/include/hdf5.h 
>> export CPATH="/usr/local/include/" 

Quindi è possibile compilare che è necessario