Python: come immagazzinare una matrice multidimensionale numpy in PyTables?

Question

Come posso mettere un array multidimensionale NumPy in un file utilizzando HDF5 PyTables?

Da quello che posso dire che non posso mettere un campo di matrice in una tabella pytables.

ho anche bisogno di memorizzare alcune informazioni su questa matrice ed essere in grado di fare calcoli matematici su di esso.

Qualche suggerimento?

Answer 1

Ci può essere un modo più semplice, ma questo è il modo che ci si andare a farlo, per quanto ne so:

import numpy as np 
import tables 

# Generate some data 
x = np.random.random((100,100,100)) 

# Store "x" in a chunked array... 
f = tables.openFile('test.hdf', 'w') 
atom = tables.Atom.from_dtype(x.dtype) 
ds = f.createCArray(f.root, 'somename', atom, x.shape) 
ds[:] = x 
f.close() 

Se si desidera specificare la compressione da utilizzare, dare un'occhiata a tables.Filters. Per esempio.

import numpy as np 
import tables 

# Generate some data 
x = np.random.random((100,100,100)) 

# Store "x" in a chunked array with level 5 BLOSC compression... 
f = tables.openFile('test.hdf', 'w') 
atom = tables.Atom.from_dtype(x.dtype) 
filters = tables.Filters(complib='blosc', complevel=5) 
ds = f.createCArray(f.root, 'somename', atom, x.shape, filters=filters) 
ds[:] = x 
f.close() 

C'è probabilmente un modo più semplice per un sacco di questo ... Non ho usato pytables per altro che i dati della tabella, come in un lungo tempo.

Nota: con pytables 3.0, f.createCArray è stato rinominato f.create_carray. Si può anche accettare la matrice direttamente, senza specificare la atom,

f.create_carray('/', 'somename', obj=x, filters=filters)