Errore in na.fail.default: valori mancanti in oggetto - ma non valori mancanti

Question

Sto cercando di eseguire un modello LME con questi dati:

tot_nochc=runif(10,1,15) 
cor_partner=factor(c(1,1,0,1,0,0,0,0,1,0)) 
age=runif(10,18,75) 
agecu=age^3 
day=factor(c(1,2,2,3,3,NA,NA,4,4,4)) 
dt=as.data.frame(cbind(tot_nochc,cor_partner,agecu,day)) 
attach(dt) 

corpart.lme.1=lme(tot_nochc~cor_partner+agecu+cor_partner *agecu, 
        random = ~cor_partner+agecu+cor_partner *agecu |day, 
        na.exclude(day)) 

ottengo questo codice di errore:

Errore in na.fail.default (lista (cor_partner = c (1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, : valori mancanti in oggetto

sono consapevole ci sono domande simili nel forum. Tuttavia, io Nel mio caso:

• cor_partner non ha valori mancanti;
• l'intero oggetto è codificato come un fattore (almeno da ciò che mostra l'ambiente globale).

Potrei escludere quei valori NA con un na.action, ma preferirei sapere perché la funzione sta leggendo valori mancanti - per capire esattamente cosa sta succedendo ai miei dati.

Answer 1

tl; dr è necessario utilizzare na.exclude() (o altro) su tutto il frame di dati in una sola volta, in modo che le osservazioni rimanenti rimangono abbinati tra le variabili ...

set.seed(101) 
tot_nochc=runif(10,1,15) 
cor_partner=factor(c(1,1,0,1,0,0,0,0,1,0)) 
age=runif(10,18,75) 
agecu=age^3 
day=factor(c(1,2,2,3,3,NA,NA,4,4,4)) 
## use data.frame() -- *DON'T* cbind() first 
dt=data.frame(tot_nochc,cor_partner,agecu,day) 
## DON'T attach(dt) ... 

Ora provate:

library(nlme) 
corpart.lme.1=lme(tot_nochc~cor_partner+agecu+cor_partner *agecu, 
       random = ~cor_partner+agecu+cor_partner *agecu |day, 
       data=dt, 
       na.action=na.exclude) 

otteniamo errori di convergenza e gli avvisi, ma io credo che sia ora perché stiamo usando un minuscolo dati resi-up set senza informazioni sufficienti in esso e non a causa di qualsiasi problema inerente con il codice.