utilizzando rpy2 con i notebook IPython?

Question

È possibile utilizzare rpy2 (chiamando ggplot2) con i taccuini IPython e quindi salvarli (e condividerli su NBViewer come gli altri portatili http://nbviewer.ipython.org/)? C'è qualche difficoltà nel far apparire i ggplot rpy2 nel notebook e/o in modo interattivo? Sarebbe utile se qualcuno potesse fornire una sessione di esempio e il suo output di creare una figura ggplot2 all'interno di un notebook usando rpy2 in IPython.

Answer 1

È possibile con l'estensione rmagic, che utilizza rpy2. Sembra che tu abbia bisogno della cifra print() per mostrarla, comunque. Ecco una sessione di esempio: http://nbviewer.ipython.org/5029692

Se si preferisce utilizzare direttamente rpy2, deve essere possibile. Dai uno sguardo allo rpy2 documentation for ggplot2. Per inserirlo nel notebook, puoi disegnare su un dispositivo PNG/SVG, quindi leggerlo dal lato Python (questo è ciò che fa rmagic).

Answer 2

Questo è stato scritto senza guardare il codice in rmagic. Hanno un modo più intelligente di farlo (ho 11 linee di codice).

import uuid 
from rpy2.robjects.packages import importr 
from IPython.core.display import Image 

grdevices = importr('grDevices') 
def ggplot_notebook(gg, width = 800, height = 600): 
    fn = '{uuid}.png'.format(uuid = uuid.uuid4()) 
    grdevices.png(fn, width = width, height = height) 
    gg.plot() 
    grdevices.dev_off() 
    return Image(filename=fn) 

Per provarlo:

from rpy2.robjects.lib import ggplot2 
from rpy2.robjects import Formula 
datasets = importr('datasets') 
mtcars = datasets.__rdata__.fetch('mtcars')['mtcars'] 
p = ggplot2.ggplot(mtcars) + \ 
    ggplot2.aes_string(x='mpg', y='cyl') + \ 
    ggplot2.geom_point() + \ 
    ggplot2.geom_smooth() + \ 
    ggplot2.facet_wrap(Formula('~ am')) 

ggplot_notebook(p, height=300)