Compilazione C++ in Rcpp con libreria C esterna

Question

Sto cercando di creare un pacchetto R con codice Rcpp che utilizza una libreria esterna. In precedenza avevo chiesto a SO come utilizzare una libreria C esterna in un pacchetto here. Il problema che ho di fronte è appena mi includo la seguente riga di codice

y = N_VNew_Serial(3); 

sto ottenendo l'errore

sundials_test.o:sundials_test.cpp:(.text+0x2ba): undefined reference to `N_VNew_Serial' 
collect2: ld returned 1 exit status 
Error in Rcpp::sourceCpp("src/sundials_test.cpp") : 
    Error occurred building shared library 

non ottengo un errore con la linea

N_Vector y = NULL; 

quindi, penso che la connessione alla libreria funzioni bene. Ho anche confermato che la dichiarazione di funzione per N_VNewSerial() è nel nvector/nvector_serial.h Nel caso in cui è necessario guardare a tutto il codice di pacchetto, è disponibile here

Il codice per la particolare file Rcpp è pasta sotto

#include <Rcpp.h> 

// #include <iostream.h> 
#include <cvode/cvode.h>    /* prototypes for CVODE fcts., consts. */ 
#include <nvector/nvector_serial.h> /* serial N_Vector types, fcts., macros */ 
#include <cvode/cvode_dense.h>   /* prototype for CVDense */ 
#include <sundials/sundials_dense.h> /* definitions DlsMat DENSE_ELEM */ 
#include <sundials/sundials_types.h> /* definition of type realtype */ 

using namespace Rcpp; 

void InitialConditions (NumericVector x){ 

    N_Vector y = NULL; 
    // y = N_VNew_Serial(3); 
    // 
    // NV_Ith_S(y,0) = 1; 
    // NV_Ith_S(y,1) = 2; 
    // NV_Ith_S(y,2) = 3; 


} 

Non sono sicuro del motivo per cui il codice riporta undefined reference a una funzione, ma non a un'altra nello stesso file di intestazione, e qualsiasi aiuto nella comprensione della risoluzione di questo errore sarebbe molto apprezzato.

Grazie!

SN248

Answer 1

Questo è un collegamento errore e non un errore di compilazione. La compilazione è riuscita a farti accedere alla fase di collegamento. Ma

sundials_test.o:sundials_test.cpp:(.text+0x2ba): \ 
    undefined reference to `N_VNew_Serial' 
collect2: ld returned 1 exit status 
Error in Rcpp::sourceCpp("src/sundials_test.cpp") : 
    Error occurred building shared library 

è molto chiaro: R non può costruire una libreria condivisa, perché non l'hai fatto collegamento contro il codice oggetto (da meridiane, presumo), che fornisce.