processo di sostituzione

Question

ho dato un'occhiata in giro su ciò che mi lascia perplesso e ho trovato questo solo: Do some programs not accept process substitution for input files?

che è parzialmente aiutando, ma mi piacerebbe davvero capire la storia completa. Ho notato che alcuni dei miei script R danno risultati diversi (cioè errati) quando utilizzo la sostituzione del processo.

ho cercato di individuare il problema con un banco di prova:

Questo script:

#!/usr/bin/Rscript 

args <- commandArgs(TRUE) 
file <-args[1] 
cat(file) 
cat("\n") 
data <- read.table(file, header=F) 
cat(mean(data$V1)) 
cat("\n") 

con un file di input generato in questo modo:

$ for i in `seq 1 10`; do echo $i >> p; done 
$ for i in `seq 1 500`; do cat p >> test; done 

mi porta a questo:

$ ./mean.R test 
test 
5.5 

$ ./mean.R <(cat test) 
/dev/fd/63 
5.501476 

Ulteriori test rivelano che alcune linee sono perse ... ma mi piacerebbe capire perché. Read.table (la scansione dà gli stessi risultati) usa seek?

Ps. con un file di prova più piccolo viene riportato (100) un errore:

$./mean.R <(cat test3) 
/dev/fd/63 
Error in read.table(file, header = F) : no lines available in input 
Execution halted 

Aggiungi # 1: con uno script modificato che utilizza la scansione i risultati sono gli stessi.

Answer 1

Ho scritto questa funzione di uso generale per l'apertura di un collegamento file in mio script:

OpenRead <- function(arg) { 

    if (arg %in% c("-", "/dev/stdin")) { 
     file("stdin", open = "r") 
    } else if (grepl("^/dev/fd/", arg)) { 
     fifo(arg, open = "r") 
    } else { 
     file(arg, open = "r") 
    } 
} 

Nel codice, sostituire file con file <- OpenRead(file) e dovrebbe gestire tutte quelle qui sotto:

./mean.R test 
./mean.R <(cat test) 
cat test | ./mean.R - 
cat test | ./foo.R /dev/stdin