Sono nuovo nello sviluppo del pacchetto R e nello stack overflow, ma non sono riuscito a trovare queste informazioni da nessuna parte.Caricamento pacchetto in ambiente selezionato
Sto provando a caricare i mouse del pacchetto R, senza che esso inquini il mio spazio dei nomi. Ho provato a importare solo le funzioni che sto usando, ma non ha funzionato. Così mi accontento di caricare l'intero pacchetto in un unico ambiente specifico come segue:
e <- new.env()
load_package_into_environment(e, package = "mice")
eval(mice(data, m = m, maxit = max.iter, printFlag = F), envir = e)
Tuttavia, non sono stato in grado di trovare la reale funzione di sostituire il "load_package_into_environment" segnaposto. Quale funzione, se del caso, lo farebbe?
MODIFICA: Ecco i file con cui sto lavorando e il problema che devo fornire maggiori dettagli.
File: DESCRIZIONE
Package: bug.example2
Title: Example of Package Loading Bug
Version: 0.0.0.9000
[email protected]: person("R", "Woodbridge", email = "[email protected]", role = c("aut", "cre"))
Description: Creates a wrapper function for mice::mice function.
Depends:
R (>= 3.2.3),
data.table (>= 1.9.6)
License:
LazyData: true
Imports: mice
RoxygenNote: 5.0.1
File: namspace (generato automaticamente da roxygen)
import(data.table)
importFrom(mice,mice)
importFrom(mice,mice.impute.logreg)
importFrom(mice,mice.impute.pmm)
importFrom(mice,mice.impute.polr)
importFrom(mice,mice.impute.polyreg)
File: impute.R (utilizza la funzione topi dal pacchetto topi)
#' @import data.table
#' @importFrom mice mice
#' @importFrom mice mice.impute.pmm
#' @importFrom mice mice.impute.logreg
#' @importFrom mice mice.impute.polyreg
#' @importFrom mice mice.impute.polr
#' @export
impute <- function(data, m = 5, max.iter = 5){
mice_environment <- new.env()
#Impute missing data using mice function, output format is mids object
mice.out <- mice(data, m = m, maxit = max.iter, printFlag = F)
#save the m imputed data.frames as a list of data.tables
return.list <- lapply(1:m, function(x){
as.data.table(complete(mice.out, x))
})
names(return.list) <- paste0("imp.",1:m)
return.list
}
File: test-impute.R (usa testthat pacchetto per testare la funzione impute) Uscita
context("Impute missing values")
test_that("Output format is a list of lenght m and each element is a data.table",{
#Set up data
set.seed(200)
data <- iris
data$Species[runif(nrow(data)) < .1] <- NA
data$Sepal.Width[runif(nrow(data)) < .2] <- NA
setDT(data)
#Create imputed data
M <- 5
impute.output <- impute(data, m = M)
#Test output format
expect_is(impute.output, "list")
expect_equal(length(impute.output), M)
lapply(impute.output,expect_is, "data.table")
})
errore da testthat
1. Error: Output format is a list of lenght m and each element is a data.table -
The following functions were not found: mice.impute.pmm, mice.impute.polyreg
1: withCallingHandlers(eval(code, new_test_environment), error = capture_calls, message = function(c) invokeRestart("muffleMessage"))
2: eval(code, new_test_environment)
3: eval(expr, envir, enclos)
4: impute(data, m = M) at test-impute.R:12
5: mice(data, m = m, maxit = max.iter, printFlag = F) at C:\repos\bug.example2/R/impute.R:11
6: check.method(setup, data)
7: stop(paste("The following functions were not found:", paste(fullNames[notFound],
collapse = ", ")))
Un pacchetto * è * caricato in un ambiente dedicato. Cosa intendi con "inquinanti"? – nicola
'importFrom' è stato il mio primo approccio, ma ho importato una funzione che chiamo tutte e tutte le sue funzioni dipendenti, ma ricevo comunque un messaggio che alcune di queste funzioni dipendenti non vengono trovate quando provo a creare il pacchetto. Penso che sia il risultato di come vengono costruiti i topi. –
Si prega di consultare http://stackoverflow.com/a/40830959/4468078 e leggere il pacchetto 'import' che (quasi) fa esattamente ciò che si desidera. L'unica cosa che non ho ancora provato è se puoi creare il tuo ambiente invece di specificare il nome del nuovo ambiente. Un'altra differenza potrebbe essere che 'import' allega l'ambiente nel percorso di ricerca che è possibile non quello che vuoi (e puoi correggerlo scollegandolo). –