Combina grafici con grid.arrange e regola la dimensione del grafico e l'etichetta dell'asse

Question

Desidero combinare due ggplots con grid.arrange con una sola legenda generale. Sono riuscito a combinare le due leggende con un piccolo trucco, ma poiché ho rimosso la legenda dal primo grafico, questo è più ampio dopo grid.arrange, ovviamente. Come posso ottenere entrambe le aree di tracciamento alla stessa dimensione? E vorrei anche avere un'etichetta dell'asse x comune centrata sotto entrambi i grafici. è possibile con grid.arrange? Lo so, a domande simili è stata data una risposta prima, ma sono ancora un novellino di R e le soluzioni sono troppo complicate o non posso adattarle ai miei dati.

Così qui sono i miei due set di dati:

testxy 
    SN strain  est  low  up 
1 A  xy 11.6751 11.1480 12.2021 
2 B  xy 11.4211 11.1108 11.7314 
3 C  xy 2.6603 2.4291 2.8915 
4 D  xy 4.5503 4.2972 4.8034 

testyz 
    SN strain  est  low  up 
5 A  yz 22.1761 21.5136 22.8387 
6 C  yz 21.4829 21.0251 21.9408 
7 B  yz 19.3294 18.8950 19.7639 
8 D  yz 19.9990 19.3934 20.6047 

E questo è il codice che ho finora. È vicino a quello che voglio, ma proprio vicino:

p1<-ggplot(data=testxy, aes(colour=strain, x=SN, y=est))+ 
theme(panel.background = element_rect(fill = 'white', colour = 'black'))+ 
theme(legend.position="none")+ 
theme(axis.title.x = element_text(size = rel(1.5), vjust=-0.1), 
axis.title.y = element_text(size = rel(1.5), vjust=1), axis.text.y = element_text(size = rel(1.4)), axis.text.x = element_text(hjust = 1, size = rel(1.5)),plot.title = element_text(size = rel(2.5), lineheight=1, face="bold"))+ 
     theme(plot.margin=unit(c(5,5,5,5),"mm"))+ 
     labs(x="treatment", y="integral", title="xy")+ 
     scale_colour_manual(name="strain", values=c(xy="blue"))+ 
     theme(strip.text.x = element_text(size=12, face="bold"), strip.background = element_rect(colour="black", fill="white"))+ 
     geom_point(aes(color="xy"), size=5, alpha=0.1, shape=16)+ 
     geom_errorbar(aes(ymin=low, ymax=up, width=0.2), colour="deepskyblue", size=0.8)+ 
     scale_y_continuous(breaks=seq(5,20,5), limits=c(2,23.5)) 

p2<-ggplot(data=testyz, aes(colour=strain, x=SN, y=est))+ 
    theme(panel.background = element_rect(fill = 'white', colour = 'black'))+ 
    theme(legend.position="right")+ 
    theme(axis.title.x = element_text(size = rel(1.5), vjust=-0.1), axis.ticks.y = element_blank(), axis.text.y = element_blank(), axis.text.x = element_text(hjust = 1, size = rel(1.5)), plot.title = element_text(size = rel(2.5), lineheight=1, face="bold"))+ 
    theme(plot.margin=unit(c(5,5,5,5),"mm"))+ 
    labs(x="treatment", y=NULL, title="yz")+ 
    scale_colour_manual(name="strain", values=c(yz="green", xy="blue"))+ 
    theme(strip.text.x = element_text(size=12, face="bold"), strip.background = element_rect(colour="black", fill="white"))+ 
    geom_point(aes(color="yz"), size=5, alpha=0.1, shape=16)+ 
    geom_point(aes(color="xy"), size=0)+ 
    geom_errorbar(aes(ymin=low, ymax=up, width=0.2), colour="green", size=0.8)+ 
    scale_y_continuous(breaks=seq(5,20,5), limits=c(2,23.5))+ 
    scale_x_discrete(limits=c("A", "C", "B", "D")) 

grid.arrange(p1,p2, ncol=2) 

Ho provato sfaccettatura prima. Sembra davvero buono, ma sfortunatamente, ho bisogno di cambiare l'ordine dello levels sugli assi x. Quindi, penso che lo sfaccettatura non funzioni per me.

Spero che tu possa aiutarmi.

Acclamazioni Anne

Answer 1

Si dovrebbe usare sfaccettatura:

testxy <- read.table(text = " SN strain  est  low  up 
1 A  xy 11.6751 11.1480 12.2021 
2 B  xy 11.4211 11.1108 11.7314 
3 C  xy 2.6603 2.4291 2.8915 
4 D  xy 4.5503 4.2972 4.8034", header = TRUE) 

testyz <- read.table(text = " SN strain  est  low  up 
5 A  yz 22.1761 21.5136 22.8387 
6 C  yz 21.4829 21.0251 21.9408 
7 B  yz 19.3294 18.8950 19.7639 
8 D  yz 19.9990 19.3934 20.6047", header = TRUE) 

test <- rbind(cbind(testxy, fac = "xy"), 
       cbind(testyz, fac = "yz")) 


test$SN1 <- interaction(test$SN, test$fac) 
test$SN1 <- ordered(test$SN1, levels = test$SN1) 


ggplot(data=test, aes(colour=strain, x=SN1, y=est)) + 
    geom_point() + 
    facet_wrap(~ fac, scales = "free_x") + 
    scale_x_discrete(labels = setNames(as.character(test$SN), as.character(test$SN1))) 

Tuttavia, questo non è una buona trama, in quanto il lettore spesso si accorge che gli X-assi sono diversi.

Answer 2

Se l'unico problema della sfaccettatura è l'ordine dei livelli, che possono essere risolti riordinando la tua prima ggplot2 chiamare fattore variabile.

È possibile specificare l'ordine dei livelli di un fattore durante la conversione in un fattore.

df = rbind(testxy, testyz) 
df$strain <- factor(as.character(df$strain), levels=c('yz','xy')) 
ggplot(df, aes(colour=strain, x=SN, y=est))+facet_grid(.~strain)